Академия по-прежнему отучала командиров от личной инициативы. Суворовское «всяк солдат знай свой маневр» было воспринято слишком буквально. Главным оставался приказ начальства — пусть глупый, дурацкий, опасный, не отвечающий боевой обстановке, но его исполнение было свято для собственной же безопасности, снимая ответственность за его последствия с подчиненных. За них будет думать начальство, за которое, соответственно, думало начальство вышестоящее. Самое же высокое начальство в итоге все равно всегда могло найти козлов отпущения среди подчиненных, сваливая на них вину за собственные ошибки. Инициатива выбивалась из офицеров и солдат дубиной приказов (как, собственно, и по сей день), в то время как в германской армии, напротив, инициатива приветствовалась и поощрялась. Всякий командир, кто мыслил нешаблонно и предпринимал неописанные в инструкциях маневры, действовал на свой страх и риск. Тут уж или грудь в крестах, или голова в кустах. Зато именно из них и выходили выдающиеся полководцы. Из Академии же, как правило, — серая штабная масса.
«Трижды менялся взгляд на Академию — то как на специальную школу комплектования Генерального штаба, то, одновременно, как на военный университет. Из Академии стали выпускать вдвое больше офицеров, чем требовалось для Генерального штаба, причем не причисленные к нему возвращались в свои части «для поднятия военного образования в армии», — писал Деникин.
По мнению генерала Федора Винберга, с 80-х годов XIX века «Академия стала походить на дореформенную бурсу. Сильно развивавшаяся конкуренция между учащимися развращала нравы как обучаемых, так и обучающих. Качественный уровень профессорского персонала стал сильно понижаться. Во взаимных отношениях стали все чаще наблюдаться не достойные военной среды заискивание, искательство, интриги, карьеристические происки… Создавался тип выскочки-честолюбца… Создалась среда, в которую легко могли проникнуть масонские влияния — гораздо легче, чем в строевой состав армии, огражденный корпоративным духом полковых традиций».
Провалы подобного обучения сказались уже в русско-японской войне. Никаких должных выводов сделано не было, на те же грабли русская армия наступила и в Первую мировую войну. Уже перед самым отречением в 1917 году сам император Николай II в частной беседе заявил, что «после войны Генеральный штаб ответит ему за все». Вскоре отвечать стало некому. Военная мысль России дряхлела вместе с самими преподавателями Академии.
