Летные испытания унифицированного варианта ракеты Р-16У начались 10 октября 1961 г. Первый пуск с наземной пусковой установки прошел удачно.
Внешне ракета почти не отличалась от своей предшественницы. На ее корпусе закрепили почти незаметные бугели, которыми она должна была зацепляться за две рельсовые направляющие стартового стакана шахты. Остальные изменения скрывались в корпусе. Наддув баков, вместо воздуха, осуществлялся азотом. Кроме этого, была изменена схема заправки топливом и улучшена система автоматики первой ступени. Тяга двигателя первой ступени была увеличена на 2%.
Первый запуск ракеты из шахтной пусковой установки состоялся 13 июля 1962 г. Его можно считать частично успешным, так как через несколько секунд полета на Р-16У отказал рулевой двигатель. Неприятности с рулевым двигателем продолжались и еще в нескольких запусках. Причиной была тканевая рубашка на рулевых машинках, предохраняющая механизмы от пламени при старте из шахты. После увеличения теплостойкости ткани неисправности прекратились. Через год ракету Р-16У приняли на вооружение. Ракетный комплекс шахтного базирования получил обозначение «Шексна В», «В» – от слова «высокозащищенный».
Комплекс «Шексна В» походил на американский и относился к тому же типу «Групповой старт». Он представлял собой три ракетные шахты диаметром 8,3 м и глубиной 45 м. Шахты выстраивались в одну линию и стояли на расстоянии 60 м друг от друга. Рядом, в подземных сооружениях, находились запасы топлива и двухэтажный заглубленный в землю командный пункт. В системе управления комплексом был достигнут очень высокий уровень автоматизации. Наведение каждой ракеты, ее предстартовые и периодические проверки производились дистанционно. Все три ракеты заправлялись топливом централизованно, поочередно, при помощи скоростной системы заправки, из одних емкостей. Заполнение баков одной ракеты длилась не более 10 мин. В верхней части шахты, в так называемом оголовке, устанавливалась система кондиционирования, поддерживающая в шахте постоянную влажность (до 80%) и температуру (в диапазоне от +8° до +20°С), дизель-генераторы и электропривод крышки.
В шахте находился стальной пусковой стакан высотой 32 и диаметром 4,6 м, с двумя направляющими для ракеты. Пространство между стаканом и стенками шахты использовалось для отвода горячих газов. Для нацеливания стакан вместе с ракетой мог разворачиваться на ±140° вокруг вертикальной оси. Для защиты от вибрации при близком ядерном взрыве, пусковой стол на дне стакана, имел пружинную амортизацию. Коммуникации для заправки ракеты проходили по стенке шахты и подключались к ракете снизу.
