1995. С 16 по 30 марта пара Су-24МР (гв. п/п-ки Наевский — Давтян и гв. п/п-к Синицкий — гв. к-н Пеньков) выполнили с аэр. Какайды (Узбекистан) 18 полетов на разведку в интересах командования KMC РТ.
С 22 марта по 10 апреля экипаж Су-24МР гв. м-р Ширяев — гв. к-н Черепня с аэр. Ахтубинск выполнили 8 разведывательных вылетов над территорией Чечни.
В дальнейшем для полетов над Чечней было решено задействовать высотные МиГи, которые для стрелкового оружия, да и для «Стингеров» или «Стрел» были недосягаемы. С 12 мая по 31 октября летчики гв. п/п-к Бученов, гв. м-ры Александров, Лоскутов, Сокирко, Коваленко, Бугаев, Садовский — на трех МиГ-25РБ с аэр. Ростов-на-Дону выполнили 88 б/в на разведку над территорией ЧР. В интересах вышестоящих штабов обработано 13360 метров аэрофотопленки, изготовлено 570 фотосхем и фотопланшетов.
1996. Несмотря на сложности с поставками топлива, полк поддерживал в боеготовом состоянии экипажи основного боевого расчета, за год проведено 2 ЛТУ АЭ и 1 ЛТУ АП, при этом ЛТУ 1-й АЭ в сентябре проходило с перебазированием на оперативный аэродром Бутурлиновка.
1997. В марте командование полком принял гв. п-к А. Бондаренко, кавалер двух орденов Красной Звезды, дважды выполнявший интернациональный долг в ДРА.
С 26 августа по 1 сентября проводилось ЛТУ полка с перебазированием 6 МиГ-25РБ и 8 Су-24МР на оперативный аэродром Багай-Барановка с воздушной разведкой на новом оперативном направлении. Кроме того, в течение года выполнено 27 полетов на обеспечение командно-штабных учений и тревог вышестоящих штабов. Летчики перегоняли самолеты МиГ-25РБ/РУ из Липецка в Мончегорск.
1998. С 15 марта в связи с расформированием 16-й ВА полк вошел в состав 105-й САД и, перестав быть отдельным, с этого момента стал именоваться 47-й ГРАП.
1 мая в связи с проводимыми в российских ВВС ОШМ (организационно-штатные мероприятия, а попросту — сокращение) полку переданы Боевое Знамя, почетное наименование, ордена и другие награды (два Вымпела МО СССР), боевые традиции с Историческим формуляром 871-го ИАП в Смоленске. С этого дня получил наименование «47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский дважды Краснознаменный ордена Суворова авиационный полк».
С 1 августа в связи с ОШМ в полку расформирована 3-я АЭ на самолетах МиГ-25РБ.
1999–2001. С 5 сентября 1999 г. по 28 февраля 2000 г. оперативная группа полка тремя самолетами МиГ-25РБ с аэр. Ахтубинск принимала участие в контртеррористической операции на территории ЧР. За это время в группе произошло 5 смен личного состава. В работе группы в общей сложности принимали участие 84 человека. За этот период летчики гв. п/п-ки Жарков, Иванов, Скворцов и гв. м-р Лоскутов выполнили 108 б/в на воздушную разведку. Специалистами фотослужбы изготовлено 536 фотосхем и фотопланшетов. Все летчики группы награждены боевыми орденами, а многие из специалистов ИАС и АФС — медалями. А всего с 1992 г. по 2000 г. в различных горячих точках СНГ экипажами полка выполнено 302 б/в.
