Затем возникло еще одно дело: некий опытный и умелый моряк дезертировал с «Реттлера», судна под командованием капитана Уилфрида Коллингвуда. Нельсон как председательствующий в суде военного трибунала должен был приговорить дезертира к смертной казни. Однако же, получив просьбу отсрочить приведение приговора в исполнение, он уступил ей и под собственную ответственность освободил жертву из-под стражи. Получив выговор от адмиралтейства за превышение полномочий, Нельсон попытался оправдать свои действия, что принесло ему новый нагоняй, правда, уже после того, как он продемонстрировал решимость поддерживать дисциплину на собственном судне, где распорядился дать по десятку плетей трем матросом, замеченным в пьянстве. А несколько недель спустя Нельсон, заслуживший незадолго до того характеристику «чрезвычайно строгого командира», который с годами, «вероятно, станет еще суровее», приговорил к экзекуции уже восьмерых — троих за «подстрекательские речи», остальных за «неповиновение и пренебрежение обязанностями». Когда экипаж наконец распустили — в ноябре 1787 года, после долгой отсрочки, вызванной угрозой новой войны с Францией, — матросы с облегчением отправились по домам, отклонив любые предложения продолжить службу под командой этого капитана. Повторилась история пятилетней давности, случившаяся на «Альбермарле» в Портсмуте — тогда матросы также отказались возобновить контракт с Нельсоном.
По пути домой Нельсон снова заболел, да так жестоко, что, по словам одного из мичманов, «все думали, ему не добраться живым до Англии, и на случай смерти во время путешествия приготовили большую бочку рома». Ром требовался для консервации тела умершего моряка, желавшего упокоиться у себя на родине, а не быть погребенным в море.
Но Нельсон выдюжил, восстановил силы еще во время пути, хотя по прибытии в Англию, как он сам записывал в дневнике, «из-за дождей и холода у меня разболелось горло. Затем наступившая жара принесла с собой лихорадку, не такую жестокую, чтобы удерживать в постели, но вполне достаточную, чтобы не позволить хоть чем-нибудь заниматься. Даже письмо написать трудно… Нехорошо со стороны родного воздуха обращаться таким образом с бедным скитальцем».
Занедужила и жена Нельсона. Она отплыла в Англию с дядей Джоном Хербертом в комфортабельной каюте корабля, принадлежащего Вест-Индской компании. С мужем ей пришлось поначалу разлучиться — того послали на один из островов Карибского архипелага взять на борт вновь набранный экипаж. «Судьба жены моряка, — записала Фрэнсис, — и впрямь нелегка».
