Для сведения к минимуму вероятности осуществления противником эффективных контрмер при нанесении по нему ракетного удара с большой дальности, в комплексе применена высокоскоростная ракета, по конструктивно-компоновочной схеме и особенностям полетного функционирования близкая к ракете комплекса «Панцирь». Впервые схема с отделяемым стартовым двигателем и летящей по инерции управляемой маршевой ступенью была реализована тульскими конструкторами в ракете комплекса «Тунгуска». Наряду с другими преимуществами, в частности, отсутствием длительного задымления линии визирования цели продуктами сгорания двигателя, данная схема с быстрым разгоном обеспечивает высокую среднюю скорость полета ракеты и, соответственно, минимальное подлетное время, что важно в дуэльных ситуациях «вертолет-ЗРК». В то же время, принятая схема требует предельного «облагораживания» аэродинамических форм маршевой ступени для снижения потерь на сопротивление. Исходя из этого, на ракете «Гермес» внедрен обтекатель головки самонаведения, сбрасываемый на конечном участке полета.
В отличие от предшественника — ракеты «Вихрь», на «Гермесе» вместо системы наведения по лазерному лучу применена комбинированная система с автономным инерциальным управлением на начальном и среднем участках траектории и полуактивным лазерным самонаведением на конечном. Такая система обеспечивает наведение на требуемой дальности и достаточно помехоустойчива, так как подсвет цели двухканальным лазерным целеуказателем-дальномером, входящим в оптикоэлектронную систему аппаратуры управления комплексом, производится только в течении нескольких секунд перед ее поражением ракетой. Кроме того, обеспечивается возможность реализации оптимальных траекторий полета, в том числе и с подходом к цели с верхней полусферы. При этом танк поражается в верхнюю, наименее защищенную проекцию.
Важным отличием от ранее созданных противотанковых ракет является использование не кумулятивной, а осколочно-фугасной боевой части. Это позволяет исключить характерную для разработок последних лет многовариантность ракет по типу боевой части (кумулятивная, осколочная, термобарическая), обеспечив при этом эффективное поражении широкой номенклатуры целей — танков, другой самоходной техники, инженерных и фортификационных сооружений, катеров и кораблей, вертолетов.
При выборе технических решений по осколочно-фугасной боевой части и полуактивной лазерной системе наведения использован опыт работ КБ приборостроения по управляемому артиллерийскому снаряду «Краснополь» и его модификациям.
