Нижеследующий список содержит некоторые с исторической точки зрения важнейшие и влиятельнейшие Нин-дзютсу-рю, а также их руководителей, области действия и военные, а также политические связи:
— Накагава-рю — область действия — округ Аомори. Организовал Накагава Кохаюато.
— Хагуро-рю — центр в округе Ямагата, считается, что создана воинственными аскетами-сюгендзя горы Хагуро.
— Усуги-рю — создатель Усами Суроганоками Садаюки (округ Ниигата) для удельного кггязя Уесуги Кеноша как военная шггионская организация.
— Кадзи-рю — основана Кадзи Оминоками Кагэхидэ, учеником основателя Усуги-рю, но имела также связи с патриархами Хаттори-рю (провинция Ига).
— Коюо-, Нинко- и Такэда-рю основагга Такэдой Сингэн для агентурной работы. Эти Рю активно использовали шпионов, которые ггереодевались в бродячих монахов или торговцев.
— Фума-рю Нин-по (округ Канагава) основана Фума Котаро и специализировалась в организации диверсий и партизанской войне.
— Акиба- и Ихицэн-рю (округ Аихи) — основатель Хахисукэ Короку Масакатсу, знаменитый воин тех мест.
— Мино-рю (округ Гифу) — создана во время господства Сайто Досан и охватывала группу Курокава-ниндзя местности Кота.
— Эгизэн-рго (округ Тайома) — основана Ига-ниндзей, которому удалось уйти от войск Ода Обунага.
— Йосицунэ-рю (округ Фукуи) создан Йосицунэ Минамото. Эта Рю являлась смесью шпионских методов Исэ Сабуро и различных традиций ямабуси.
— Ига-рю — также региональная традиция Нин-дзютсу, состоявшая из многих влиятельных семей, в том числе клана Хаттори и Момоти.
— Нэгоро-рю — основана Сугинобо Мюосан, которому приписывалось изобретение деревянной пушки; Саша-рю готовила специалистов по огнестрельному оружию и взрывников; Натори-рю основал Натори Сандзюро Масатакэ, автор справочника «Со-нин-ки Нин-дзютсу». Все они располагались в округе Вакаяма.
— Фукусима-рю (округ Симанэ) — создал Нодзиридзиро Дзиуэромон Наримаса.
— Курода-рю (округ Фукуока) — поддерживала семью властелина Курода.
— Сацума-нин-по (округа Кагошима) поддерживала семью властелина Симацу.
За исключением немногих, эти Рю задолго до начала эпохи Мэйдзи (в 1868 г.) свернули свою деятельность.
После объединения и вынужденного мира в XII веке резко уменьшилась необходимость разветвленной информационной сети и упорной тренировки не на жизнь, а на смерть. Вследствие этого сократилось также число тех, кто был готов посвятить всю свою энергию существованию в духе
