На третий день стоянки на корабль пришло уведомление от российского вице-консула в Портсуме Г. Бэкера о том, что гардемарин Кардо-Сысоев, которого они оставили на берегу в тяжелом состоянии, скончался. А вскоре пришло тревожное известие о распространяющейся в Средиземном море холере. На фрегат прибыл адмирал Гольсбор, начальник эскадры США в европейских водах, и поделился с Копытовым своими опасениями, предложив отложить выход в Средиземное море. Корабельные врачи Аркадий Облочинский и Степан Гумилёв занялись профилактическими мероприятиями. Корабль густо пересыпали хлоркой.
Правда, среди тревожных на корабль пришла и радостная весть. 13 сентября Высочайшим приказом по Морскому ведомству о чинах гражданских за № 494 С. Я. Гумилёва произвели в коллежские асессоры. Степан Яковлевич отметил это событие с друзьями и послал сообщение жене в Кронштадт. Время, проведенное в Бресте, медики использовали для укрепления здоровья членов команды. Капитан, довольный их работой, сообщал в рапорте в Санкт-Петербург 14 сентября: «…Вообще за все время плавания из Кронштадта до сих пор никогда не было и половины больных, бывших в Кронштадте, там на работу не выходило от 40 до 60 человек. Во время же плавания больных, со всеми легкими ушибами и нарывами, не было и двадцати». Правда, вынужденное бездействие кое для кого обернулось бедой. Матрос Николай Иванов, сильно выпивший во время увольнения, возвращаясь на корабль, упал с пристани и сильно ушибся. Осмотрев рану головы, корабельный врач обнаружил, что ушиб сопровождался переломом костей черепа. Пострадавшего пришлось госпитализировать.
После отправки новой партии тифозных больных в госпиталь фрегат полностью проветрили. И наконец тиф отступил.
24 сентября, когда «Пересвет» пришел на кадинский рейд, у форштевня, в нижней шкиперской каюте неожиданно обнаружили струю воды. Водолазы доложили капитану, что толстая медь на форштевне внизу оборвана. Для ремонта судно следовало поставить в док, но два имевшихся дока были слишком малы, а третий, большой, был занят новым испанским фрегатом, который предполагали ремонтировать до конца октября.
Капитан послал телеграммы в Мальту и Неаполь узнать: нельзя ли стать в док там? Оказалось, что в Неаполе свирепствует холера. Зато на Мальте холеры не оказалось, и Копытов принял решение идти туда, залатав пробоину.
9 октября после захода солнца «Пересвет» прибыл на Мальту, пройдя за пять с половиной дней 1102 мили. 12 октября его ввели в док и весь день устанавливали на подпоры. К утру 13 октября воду выкачали и приступили к ремонту. А корабельные врачи, воспользовавшись остановкой, отправили в госпиталь оставшихся больных.
