Работа шла успешно, и уже 23 октября, в субботу вечером, фрегат вышел из дока и начал в понедельник погрузку пороха, снарядов, угля и провизии. 30 октября «Пересвет» снова вышел в открытое море и взял курс на Пирею. Команда была укомплектована и здорова. С самого начала ноября подули восточные ветры, и несколько дней судно качало на огромных волнах взбунтовавшееся море. 9 ноября «Пересвет» вошел в Пирейский порт, где и стал на одиннадцатидневный карантин: местные власти опасались холеры. Вынужденный отдых оказался кстати. Команда перетянула весь стоячий такелаж, законопатила палубы и, где было необходимо, наружный борт. В лазарете остались только больные сифилисом. Началось зимнее стояние у чужих берегов.
И лишь 5 февраля 1866 года, по распоряжению российского посланника, фрегат отправился к острову Санторино для оказания помощи местным жителям, обеспокоенным угрозой нового землетрясения. Капитан фрегата писал в донесении о разгулявшейся стихии: «Вулканическое действие на острове Санторине началось 18 января около одного из внутренних островов санторинского рейда, называемого Nea-Comeni, поднявшегося 160 лет назад вследствие бывшего землетрясения и теперь угрожающего исчезнуть под водою. В этот день глухой шум был слышен внутри островка, на другой день он увеличился и сделался настоящей канонадой. Море около места, называемого Vouleano, кипело и из него выходили белые пары с сильным запахом серы. S W часть острова получила разрыв от бухты, где прежде стояли суда, к противоположному берегу. На этой части острова, бывшей до сих пор сухою, образовались два маленьких озера пресной воды. В продолжение двух часов времени 20 января почва опускалась на 60 сантиметров. Море кругом было красноватого цвета, смешанное с сернисто-железистыми соединениями. Вследствие этого феномена население острова было в ужасе и просило о присылке парохода».
Еще раз отправиться к берегам Санторино «Пересвет» должен был 16 февраля, но в эти дни началось большое извержение вулкана, и фрегат вынужден был сняться с якоря и в два часа ночи отойти в открытое море. Тем не менее капитан через нарочного предложил префекту острова свои услуги для помощи местным жителям.
В ночь с 16-го на 17-е и до полудня команда «Пересвета» наблюдала извержение вулкана. Затем на судно прибыл префект острова с чиновниками и уважаемыми на острове людьми; он поблагодарил капитана, отметив, что появление фрегата успокоило жителей. Капитан вместе с несколькими офицерами отправился на катере осматривать начавшие засыпать вулканы, взяв в свою команду врача, Степана Гумилёва. Катер прошел всего в сорока саженях от затухающих гигантов. Это зрелище произвело на всех огромное впечатление, и корабельный врач запомнил его на всю жизнь.
