С мая по август 1862 года корабль находился в плавании по внутренним водам. По возвращении из похода на кронштадтском рейде, как положено, был проведен смотр корабля, который осуществил вице-адмирал Новосильский с группой старших офицеров и начальником артиллерийской части генерал-майором Мещеряковым. Вице-адмирал остался доволен прежде всего «весьма здоровой и бодрой» командой, в чем усмотрел заслугу корабельных врачей.
Служба шла своим чередом. После ряда переводов в апреле 1864 года Степан Яковлевич наконец оказался на борту фрегата «Пересвет», а в августе того же года Высочайшим приказом по Морскому ведомству о чинах гражданских за № 492 молодому корабельному врачу присвоили чин титулярного советника.
И хотя служба на «Пересвете» складывалась удачно, в душе у молодого титулярного советника покоя не было. Всякий раз, уходя в плавание, Степан Яковлевич тревожился о своей слабой здоровьем и болезненно впечатлительной жене. Оставаясь одна, она всегда находила поводы для волнений, не спала ночами, мучительно кашляла. А потому чем дальше Гумилёв уходил от родного берега, тем чаше его мысли возвращались в Кронштадт.
26 августа 1865 года фрегат «Пересвет» прибыл на портсумский рейд, где встретился с русской броненосной эскадрой. Капитан отдал салюты нации адмиральскому флагу и получил ответ с флагманского корабля. Когда с формальностями было покончено, все офицеры получили приглашение на время стоянки стать почетными членами яхт-клуба «Виктория», которое те с удовольствием приняли. Но корабельным врачам повеселиться в те дни не довелось: на судне обнаружили тиф, тяжелую, быстро передающуюся болезнь, которая могла вызвать на корабле эпидемию. В Копенгагене Гумилёв отправил на берег пятерых заболевших матросов. Одного, Лаврентия Будилова, спасти не удалось.
2 сентября фрегат «Пересвет» снялся с якоря и взял курс к французскому порту Брест. Попутный ветер позволял судну развить скорость до десяти узлов, идя под всеми парусами. Однако ночью сгустился туман и ветер стих. Капитан приказал развести пары, и в шесть часов утра 4 сентября фрегат наконец кинул якорь в Брестском порту.
Меры, принятые Гумилёвым, позволили приостановить быстрое распространение инфекции, но тиф продолжал гулять по кораблю и косить людей. Врачи были вынуждены сдать в береговой госпиталь еще десять человек. Во фрегатском лазарете осталось трое выздоравливающих. Еще трое матросов лежали с простудной лихорадкой, а двое — с воспалением мочевого канала.
