Столкновения между правоведами и обличителями начались буквально с первых дней. Когда военный следователь полковник С. А. Коренев после подробного ознакомления с делом бывшего военного министра генерала М. А. Беляева доложил комиссии, что «ничего сугубо преступного найти не смог» и предложил его освободить из-под ареста, то разгорелась целая буря. «Как освободить? — взорвался бывший адвокат Н. К. Муравьёв. — Да вы хотите на нас навлечь негодование народа. Да если бы Беляевы даже и совсем были бы невиновны, то теперь нужны жертвы для удовлетворения справедливого негодования общества против прошлого. А за бывшим военным министром всё-таки имеется большой грех — его угодливость перед власть предержащими. За это одно его надо сгноить в тюрьме».
Ясно, что при такой «правовой философии» о справедливом разбирательстве, казалось, не могло быть и речи. Однако в работе комиссии участвовали многие юристы с многолетним стажем, имевшие четкие представления о профессиональной этике. Они не могли и не желали выполнять политический заказ.
Особенно ярко это проявилось в вопросе о признании «виновности» Царя. Правоведы твердо стояли на позиции закона, согласно которому Монарх не мог ни в какой форме не только привлекаться к суду, но и быть объектом обвинений. Антрепренеры же расследования, понимая, что с точки зрения юридической добиться вердикта невозможно, хотели всё-таки уличить Царя в противогосударственной деятельности, вынести морально-исторический приговор. Как вспоминал заместитель председателя комиссии сенатор С. В. Завадский, «Муравьёв считал правдоподобным все глупые сплетни, которые ходили о том, что Царь готов был открыть фронт немцам, а Царица сообщала Вильгельму II о движении русских войск».
Для документирования этих «истин» использовались самые сомнительные приемы. В одной бульварной газете было опубликовано несколько якобы тайных телеграмм, которые отправлялись в Германию через нейтральные страны и где содержались указания на переправку секретных сведений германскому командованию. Сии послания были подписаны «Алиса», и ни у кого не должно было возникнуть сомнений, что эти депеши исходили от Царицы.
Увидев эти «документы», Керенский немедленно потребовал провести «тщательное расследование», а Муравьёв просто сиял от радости. Вот они факты! Вот она измена! Несколько дней глава комиссии только и вел разговоры об этих «неопровержимых уликах». Расследование же окончилось грандиозным конфузом.
