В этом росте церковно-исторической науки одно из первых мест принадлежит А. П. Лебедеву. Начав свою службу в МДА в 70-х годах, он внес в разработку своей науки живую энергию.[11] Но в самой Академии к тому времени уже была школа церковно-исторической науки. Она была насаждена заботами Филарета Гумилевского и особенно А. В. Горского.[12] А. П. Лебедев с почтением относился к нему как к ученому, и хотя Александр Васильевич не был его научным руководителем, Алексей Петрович впоследствии всегда отмечал большое влияние его. А. В. Горский занимал кафедру Церковной истории с 1833 г. Он преподавал церковную историю в течение 30-и лет. С 1862 г. он был ректором Академии. Все, кто имел отношение к церковно-исторической науке, отмечали, что именно он, вместе с Ф. Гумилевским, произвел переворот в МДА. Это выразилось в том, что если ранее любимым предметом в МДА была философия, которая развивалась благодаря деятельной заботе Ф. А. Голубинского, то А. В. Горский и Ф. Гумилевский на самое видное место поставили историю церкви. А. В. Горский — личность весьма цельная. Это глубоко верующий ученый, убежденный, что во все времена все высокое в стремлении духа человеческого истекает из источника св. веры. В его душе кроме страстной любознательности всегда жила пламенная вера. Сам он в служении богословской науке видел своеобразное служение церкви, один из видов духовного знания.[13] И в то же время Александр Васильевич был очень дотошен, когда дело касалось научного творчества. «Он всегда был за делом, — вспоминал его современник проф. П. С. Казанский. — Когда он садился за свой столик в углу, то не видел никого».[14] Главное достоинство его научных трудов по Восточной и Русской Церкви — это то, что автор работал по рукописным источникам и руководствовался при этом строго научным методом критического исследования.[15] Изучая историю Русской церкви, он опирался на свое знание истории древней Восточной церкви, исторических источников по ней. Этот метод был усвоен затем его учеником Е. Е. Голубинским, а также всеми учеными, вышедшими из школы А. В. Горского, в том числе и А. П. Лебедевым. Александр Васильевич смотрел на Академию как на храм богословской науки. Он видел в ней духовное братство, опору церкви, источник богословского влияния для Православной церкви.
Научным руководителем А. П. Лебедева в его студенческие годы был профессор философии МДА Виктор Дмитриевич Кудрявцев-Платонов.
