Таким образом, А. П. Лебедев понял свое настоящее место. Кафедру «Истории древней Церкви» он занимал в течение двадцати пяти лет.
Тогда же он начал свою научную деятельность публикациями статей в духовных журналах. В МДА сразу оценили молодого ученого. На это указывает тот факт, что через 4 года после окончания Академии, в 1874 году, А. П. Лебедев стал экстраординарным профессором МДА, победив в конкурсе путем баллотировки доцента МДА В. О. Ключевского, хотя последний окончил курс на 5 лет раньше и был представлен на конкурс ректором Академии А. В. Горским, а Алексея Петровича представлял профессор В. Д. Кудрявцев.[7]
В 1879 г. А. П. Лебедев защитил докторскую диссертацию по теме «Вселенские соборы IV и V веков. Обзор их догматической деятельности в связи с направлением школ Александрийской и Антиохийской».[8] В этом же году он был сделан ординарным профессором МДА. Такое быстрое продвижение было следствием признания Академическим советом неординарных способностей Алексея Петровича.
Николаевские времена в целом не были благоприятными для появления многочисленных трудов по церковной истории. На первом месте в системе богословских наук стояло догматическое богословие.[9] Эта старая школа направлялась и опекалась митрополитом Московским Филаретом, который не приветствовал новых научных поисков в стенах Московской Духовной Академии. Единственным авторитетом в области истории церкви был А. В. Горский. Но даже среди профессоров на первом плане были богословы, которые и определяли научное лицо Академии. Церковно-историческая наука, по словам А. А. Спасского, питалась только в стенах МДА «как нежный цветок, нуждающийся в постоянном уходе, в закрытой от свежего воздуха оранжерее».[10]
При императоре Александре II богословская наука вообще и церковная история в частности получили должный стимул к развитию. Не последнюю роль тут сыграл новый устав, введенный в 1869 г. Прежнее беспорядочное преподавание наук, с опорой на богословско-философские, было заменено прочной системой. Все богословские науки разделены были на 3 группы: собственно богословие, церковно-практические и церковно-исторические дисциплины. Студенты Академии получили возможность систематизировать свои знания и определяться по одному какому-либо направлению, не отвлекаясь на побочные темы. Профессора также могли теперь заняться изучением одной какой-то дисциплины.
Другое важное нововведение — появление магистерских и докторских степеней. Причем приобретение той или иной степени связывалось с предоставлением печатной диссертации и публичной защитой высказанных в ней тезисов. До устава 1869 г. степень магистра существовала, но ее получали студенты за лучшее курсовое сочинение, которое писалось ими на 4-м (выпускном) курсе. Затем эти сочинения сдавались в архив и оставались неизвестными. Докторской же степени от профессоров вообще не требовалось. Она давалась Св. Синодом двум-трем архиереям или протоиереям в течение каждого десятилетия. После 1869 г. докторство стало присуждаться Советом Академии и представлялось на окончательное утверждение Св. Синодом. Естественно, это стало одним из самых сильных стимулов для дальнейшего движения церковно-исторической науки, поскольку приобретение ученых степеней стало нравственным долгом каждого сознающего свои обязанности профессора.
