4 февраля 1498 года в Успенском соборе в обстановке большой пышности прошла коронация княжича Дмитрия – первое в русской истории «венчание на царство». Софию и ее сына Василия не пригласили. Хотя считается, что именно София посоветовала Ивану III эту византийскую церемонию.
Казалось, «латинянка» проиграла окончательно. Придворные бросились угождать Елене Стефановне и ее коронованному сыну. Однако вскоре толпа льстецов отступила в недоумении. Иван III так и не дал Дмитрию реальной власти, удерживая все нити в своих руках. Он продолжал мучительно искать выход из династического тупика. Дмитрию были даны в управление лишь некоторые северные уезды.
Но в какой-то момент Иван III поменял свое решение. Вероятно, чрезмерное усиление боярских родов, составлявших партию Дмитрия, внушало ему опасения, и он решил перевесить их влияние, вновь приблизив к себе Софию и ее детей. Да и четверть века совместной жизни также давали о себе знать.
В четверг 21 марта 1499 года (за десять дней до Пасхи) Иван III «пожаловал… сына своего князя Василь Ивановичя, нарекл его государем великим князем, дал ему Великыи Новъгород и Пьсков в великое княженье». В итоге на Руси появились сразу три великих князя: отец, сын и внук. Такого ко многому привыкшая страна еще не видала…
Развязка семейной драмы наступила через два года. «Тое же весны (1502) князь велики апреля 11 в понедельник положил опалу на внука своего великого князя Дмитрея и на его матерь на великую княгиню Елену, и от того дни не велел их поминати в ектеньях и литиах, ни нарицати великым князем, и посади их за приставы». Через три дня Иван III «пожаловал сына своего Василия, благословил и посадил на великое княженье Володимерьское и Московское и всеа Руси самодеръжцем, по благословению Симона, митрополита всеа Руси».
Ровно через год после этих событий, 7 апреля 1503 года, Софья Палеолог умерла. Тело великой княгини было погребено в соборе кремлевского Вознесенского монастыря. Ее похоронили рядом с могилой первой жены царя – тверской княгини Марии Борисовны.
Вскоре ухудшилось здоровье и самого Ивана III. В четверг 21 сентября 1503 года он вместе с наследником престола Василием и младшими сыновьями отправился на богомолье по северным монастырям. По возвращении с богомолья Ивана разбил паралич: «…отняло у него руку и ногу и глаз». 27 октября 1505 года Иван III скончался. Он не принял схимы, якобы сказав на смертном одре: «Государем жил, государем же и умру».
