Воспользовавшись тем, что хан Ахмат намертво застрял на Угре, Иван III сумел договориться со своими братьями. Те прекратили мятеж и присоединились к нему. Приближалась зима. Угра замерзла, но ордынцы так и не сумели ее перейти – плохо готовая к зимней войне армия Ахмата («татарове нагы и босы, ободралися») отступила. Фактически на этом окончилось татаро-монгольское иго. Московское княжество подтвердило свою независимость.
Влияние Ивана Молодого при дворе возрастало. В январе 1843 года он женился на дочери господаря Молдавии Стефана Елене Волошанке. 10 октября у них родился сын Дмитрий. Противники Софии готовились праздновать окончательную победу. Тем более что все ее попытки укрепить положение приносили сплошные разочарования – ее брат Андрей, например, так и не смог получить должность при дворе Ивана III и убыл из Москвы восвояси. А попытка Софии устроить протекцию своей племяннице Марии, выдав ее замуж за князя Василия Верейского (наследника Верейско-Белозерского княжества), едва не закончилась трагически для самой византийской принцессы.
В качестве свадебного подарка София преподнесла Марии драгоценное украшение – «сажение» с жемчугом и каменьями. Украшение это, в свою очередь, досталось ей в качестве подарка от самого Ивана III. Беда была не только в том, что ранее оно принадлежало покойной первой супруге великого князя, а в том, что София посчитала его своим. Иван же (отличавшийся рачительностью, доходившей порой до скупости) пожелал одарить «сажением» Елену Волошанку. Обнаружив пропажу, он жестоко разгневался и приказал учинить розыск. Не дожидаясь результата этого розыска, князь Василий с женой бежали в Литву.
Потерю «сажения» Иван III в конце концов искупил присоединением к Москве того самого Верейско-Белозерского княжества по завещанию отца Василия, князя Михаила, – не самая большая плата за расширение подвластных земель. Но София попала в серьезную опалу. Казалось, ее дети окончательно утратили шансы на московский престол.
Однако в 1490 году Иван Молодый внезапно заболел подагрой. Выписанный по настоянию Софии лекарь «мистро Лион» потчевал больного какими-то микстурами и ставил ему банки. 7 марта 1490 года 32-летний Иван Молодый скончался. «Мистро Лион» был публично казнен. Молва (а поддержали ее многие) обвинила именно Софию в отравлении наследника.
Еще большей угрозе София подверглась, когда был раскрыт заговор, направленный против сына покойного Ивана Молодого – Дмитрия. В декабре 1497 года Иван III проведал, что заговорщики готовятся умертвить Дмитрия и устроить бегство Василия с казной в Белоозеро. К великой княгине приходили какие-то лихие бабы с зельем. Раздраженный происками, он приказал Софии не являться на его глаза, Василия – заключить под стражу, баб – утопить, заговорщиков – обезглавить. София, по некоторым данным бывшая душой заговора, казни избежала, но государь «с нею с тех мест нача жити в брежении».
