Поскольку в качестве центрального органа государственной безопасности в России уже существовал Преображенский приказ, то по окончании дела царевича Алексея Тайную канцелярию должны были бы упразднить, однако Петр решил по-иному. Сразу по завершении процесса царь 8 августа 1718 г. поручает Толстому расследование «адмиралтейского ревельского дела» – дела о грандиозных хищениях по военно-морскому ведомству в Ревельском порту. В том же году Тайная канцелярия проводит несколько важных процессов, относящихся к категории «слово и дело» в трактовке царского указа от 26 января 1715 г. («трех пунктов»): уголовное дело фаворитки Петра Марии Гамильтон, укравшей царские драгоценности; о злоупотреблениях в Астрахани; группу дел, «касающихся к расколу»; дело по доносу Зверева на майора Фуникова по расхищению им казенных денег и имущества; о краже корабельных лесов на Днепре; дело поручика Друккерта, подделавшего подпись и печать А.Д. Меншикова; об обвинении русского посла в Польше Г.Ф. Долгорукова в измене и взяточничестве и ряде других «тайных дел». Сложившийся параллелизм в деятельности двух органов госбезопасности был закреплен Петровским указом от 28 апреля 1722 г., предписывавшим местным властям направлять все дела о государственных преступлениях в Преображенский приказ или Тайную канцелярию. Судя по всему, решающую роль в этом дублировании сыграл географический фактор. С одной стороны, Петр рассматривал Москву центром крамолы против всех его начинаний и не считал возможным вывести из старой столицы Преображенский приказ, но с другой – царю был необходим и орган политического сыска, что называется, «под рукой», в Санкт-Петербурге.
Хотя с завершением дела царевича Алексея Петр и перестает быть фактическим главой Тайной канцелярии, тем не менее он не обходит ее своим вниманием. О том, сколь важную роль придавал первый русский император политическому сыску, наглядно свидетельствует тот факт, что начиная с 25 ноября 1716 г. Петр специально выделял один день в неделю (понедельник), когда приезжал в располагавшуюся в Петропавловской крепости Тайную канцелярию и самым внимательным образом вникал во все ее дела, оказывая решающее влияние на ведение следствия и вынесение приговоров. Тем не менее основной объем работы по-прежнему приходился на Преображенский приказ. С 1719 по 1724 г. это ведомство рассмотрело 1363 дела, а Тайная канцелярия за этот же период – лишь 280. При Екатерине I в Тайную канцелярию вообще поступило 3–4 дела.
