В 1722 г. в работе Тайной канцелярии перестал участвовать И.И. Бутурлин, а со следующего года и Г.Г. Скорняков-Писарев. Таким образом, в последние три года ее существования органом политического сыска в новой столице руководили вдвоем П.А. Толстой и А.И. Ушаков. Первый тяготился навязанной ему Петром ролью заплечных дел мастера и изыскивал лишь благовидный предлог, чтобы отказаться от должности инквизитора. В конце царствования Петра ему удалось убедить государя издать указ о том, чтобы Тайная канцелярия вновь присылаемых заключенных и дел больше не принимала. Однако что-то в тот раз не заладилось, и окончательно убедить закрыть подчиненное ему ведомство Толстому удалось лишь вдову Петра I. 28 мая 1726 г. Екатерина I подписала указ, упразднявший Тайную канцелярию и передававший все ее дела в Преображенский приказ, который вновь становился единственным органом государственной безопасности Российской империи.
Потребность иметь политический сыск и в Петербурге побудила Екатерину I уже в мае 1727 г. привлечь к решению этой задачи Сенат, который, действуя параллельно с Преображенским приказом, должен был расследовать преступления против государства, совершавшиеся в Северной столице и ближайших к ней губерниях. Когда во время кратковременного правления Петра II, сына царевича Алексея, в 1729 г. был ликвидирован Преображенский приказ, то разбирательство всех политических преступлений было поручено двум высшим органам – Верховному тайному совету и Сенату. Однако затея эта была явно непродуманной, и деятельность обоих органов, быстро заваленных делами о «слове и деле государевом», была частично парализована. Уже летом 1729 г. стали поступать жалобы, что из-за ликвидации Преображенского приказа «в Сенате в делах затруднение происходит». Со смертью Петра II в 1730 г. пресеклась мужская ветвь династии Романовых, в стране возник острый династический и политический кризис. На российский престол в конечном итоге была выбрана племянница Петра I Анна Иоанновна, жившая в Курляндии. Воспользовавшись сложившейся ситуацией, Верховный тайный совет, в который входили представители старой и новой аристократии, предпринял шаги к введению в России конституционной монархии и потребовал от новой императрицы подписать «кондиции», существенно ограничивающие ее власть. Однако испугавшееся угрозы установления власти олигархии дворянство выступило против Верховного тайного совета, и, опираясь на его поддержку, Анна Иоанновна разорвала подписанные ею кондиции и жестоко расправилась с их «верховниками».
