Ненависть царицы к исповеднику не угасла даже после расправы над ним. В 1767 году, когда стало известно, что митрополит Арсений не переменил своих взглядов и считал себя беззаконно осужденным, Екатерина потребовала предать его новому суду. На этот раз страдальца лишили монашества и заточили в Ревельскую крепость в крохотную камеру под именем «преступника Андрея Враля». Коменданту крепости Тизенгаузену Екатерина писала: «У вас к крепкой клетке есть важная птичка. Береги, чтоб не улетела». Офицерам и солдатам запрещено было вступать в разговор с заключенным. По некоторым сведениям, узнику затыкали рот.
28 февраля 1772 года муки узника закончились - великий страдалец за Церковь отошел на суд Нелицеприятного Судии. Священник, напутствовавший его перед смертью, в страхе вышел из каземата со словами: «Вы мне говорили, что надо исповедовать и приобщать преступника, а предо мной стоит на коленях архипастырь». На стене его тюрьмы остались слова, которые узник начертал углем: «Благо, яко смирил мя еси». Несмотря на все старания правительства изгладить имя исповедника из народной памяти, православный народ тайно чтил страдальца за Церковь. Поместный Собор 1917-1918 гг. отменил неправедный приговор Синода о митрополите Арсении и посмертно возвратил ему архиерейское достоинство.
Страшная участь этого ревнителя произвела жуткое впечатление на иерархию и позволила правительству без всякого риска провести секуляризацию церковных земель в великорусских епархиях. В 1786 году такого же рода реформа была проведена в Малороссии, а через два года - в Слободской Украине. Деятельным помощником правительства в проведении секуляризации на юге России был Киевский митрополит Самуил (Миславский).
После секуляризации церковных земель и расправы над митрополитом Арсением правительство стало относиться к Церкви с бесцеремонностью, которая заставляла вспомнить о временах бироновщины. Обер-прокурором в Синод назначен был И. И. Мелиссино, который не скрывал своих деистских воззрений. В 1767 году, когда подавались всякого рода законодательные проекты в Комиссию по Новому уложению, Мелиссино представил на рассмотрение Синода проект, в котором, помимо введения неограниченной веротерпимости, предлагал ослабить и сократить посты, отменить вечерни и всенощные, а вместо них ввести краткие молитвы с поучениями народу, прекратить содержание монахов, епископов и белого духовенства из казны, епископам дозволить «с законными женами сожитие иметь», отменить «поминовение усопших» и даже воспретить причастие младенцев в возрасте до 10 лет. Нелепость этого проекта потрясла членов Синода, и они попросту отказались принимать этот враждебный Православию документ на рассмотрение.
