В 1768 году Мелиссино был уволен с поста обер-прокурора. Его заменил П. П. Чебышев, невежественный солдафон в чине бригадира, который, понаслышке узнав о «современных идеях», открыто щеголял атеизмом, и в присутствии членов Синода не сдерживался от употребления «гнилых слов». Чебышев всячески препятствовал изданию апологетических сочинений, направленных против деизма и неверия. По подозрению духовенства в «фанатизме» из ведения Синода изъяты были все дела о нарушении благочиния, о богохульстве, о колдовстве и суевериях. Мнения членов Синода часто не принимались во внимание при решении важных для Церкви вопросов.
Большим авторитетом зато пользовался духовник Екатерины протоиерей Иоанн Памфилов. По существу это был один из временщиков. Своё влияние он часто использовал для заступничества за белое духовенство против архиереев и монашествующих, которых сильно недолюбливал. Духовник царицы первым из протоиереев был награжден митрой, что воспринято было иерархией что воспринято было иерархией как унижение архиерейского сана.
В царствование Екатерины II окончательно рушится прежняя монополия малороссийского монашества на занятие архиерейских кафедр. События церковной жизни убедили правительство в том, что малороссы проявляют больше упорства, меньше гибкости и уступчивости. Епископы из великороссов ближе к сердцу принимали государственные интересы России, они проявляли больше терпения и смирения в отношениях с правительством и потому не вызывали у власти особых опасений. А главное, с расцветом Московской Академии, с подъемом уровня образования в семинариях отпала нужда в подборе ставленников на архиерейство исключительно из числа киевских «академиков».
Уже при Елизавете на первенствующее место в российской иерархии выдвинулся архиепископ Новгородский Димитрий (Сеченов), который сразу по воцарении Екатерины возведен был в сан митрополита. Впоследствии виднейшими иерархами стали митрополит Гавриил(Петров), митрополит Платон(Левшин), архиепископ Иннокентий(Нечаев), архиепископ Амвросий(Подобедов).
За время царствования Екатерины II в связи с расширением пределов империи и приведением епархиального деления в соответствие с административным делением страны по губерниям число епархий Русской Церкви увеличилось до 36. Значительно выросло за эти годы и православное население России.
Французская революция, начавшаяся в 1789 году и приведшая к казни королевской четы, заставила императрицу заново продумать вопрос о влиянии просветительских, деистских и вольтерианских идей, которыми охотно кокетничала она до тех пор, на общественную и политическую жизнь. Напуганная грязными европейскими событиями, Екатерина приняла решение: «Закроем высокоумные наши книги и примемся за букварь». Последовал ряд действенных мер против масонства, против всех вообще тайных обществ, против бесконтрольного ввоза книг из Франции. Но одними запретами и ограничилась реакция правительства на противохристианский дух новейшей европейской философии, который до революции почти насаждался в высшем обществе, а теперь был признан опасным и подрывным. Более глубоких перемен не последовало. В душе Екатерина по-прежнему оставалась далекой от православия.
