Когда в начале царствования Екатерины II поднят был вопрос о церковных землях, митрополит Арсений встревожился о судьбе Церкви. В самый разгар работы комиссия по церковным владениям, в 1763 году, в Неделю Православия, он велел в чине анафематизмов расширить клятву на отнимающих у Церкви «села и винограды». Один за другим стал он подавать протесты в Синод. «Горе нам, бедным архиереям, - писал он тогда, - яко не от поганых, но от своих мнящихся быти овец правоверных толикое мучительство претерпеваем».
Святитель страшился за судьбу монастырей, опасался их совершенного исчезновения в России. Если дела и далее пойдут в том же духе, то, - предрекал он, - «тако нашему государству приходить будет не токмо со всеми академиями, но и с чинами или на раскольничье, или на лютеранское или кальвинское или на атеистское государство».
Протесты встревоженного архипастыря доведены были до сведения императрицы. Екатерина вознегодовала и возненавидела «мятежного» архиерея, называла его «лицемером, пронырливым и властолюбивым бешеным вралём»; и, наконец, велела его судить Синоду. Суд над митрополитом Арсением состоялся 14 апреля 1763 года в Москве. Синод приговорил его к лишению архиерейского сана. Главным судьей был давний недоброжелатель подсудимого Новгородский митрополит Димитрий.
В Кремлевских Патриарших Крестовых палатах при стечении большой толпы народа, заполонившей Синодальный двор, состоялось снятие сана с осужденного. Народ пришел не из одного любопытства, но и от сострадания к гонимому святителю. Когда с осужденного срывали святительское облачение, он предсказал совершавшим над ним эту позорную церемонию плачевный конец. Митрополиту Димитрию он сказал, что тот задохнется собственным языком. Крутицкому архиепископу Амвросию (Зертис-Каменскому), своему прежнему другу, он предсказал смерть от руки мясника: «Тебя, яко вола, убиют», а епископу Псковскому Гедеону (Криновскому) предрек: «Ты не увидишь своей епархии». Так все и исполнилось впоследствии: митрополит Димитрий умер в 1767 году от опухоли языка, архиепископ Амвросий был убит в 1771 году в Москве во время холерного бунта, а епископ Гедеон, вскоре после суда удалённый в свою епархию, умер по дороге, не доехав до Пскова. 4 июня в Кремле рухнула церковь Трех Святителей Московских, смежная с Крестовой палатой, в которой судили опального архиерея.
Между тем, лишенный сана исповедник, в одеянии простого монаха, был под караулом отвезен на Север, в Николо-Корельский монастырь, в тот самый, где в заточении скончался архиепископ Феодосий (Яновский), переименованный в Федоса.
