В свою очередь, при наземной отработке ГСН выявилась непригодность первого варианта радиопрозрачного обтекателя. Проблема не была новой — с аналогичными трудностями столкнулись за несколько лет до того при отработке К-8М — первой доведенной до серийного производства самонаводящейся отечественной ракеты класса "воздух-воздух". Прорабатывалось несколько вариантов обтекателя, отличавшихся по применяемым материалам и технологии изготовления, в том числе керамические, а также стсклопластиковые, формируемые намоткой на специальных станках по схеме "чулок", и другие. По результатам отработки выявились большие искажения радиолокационного сигнала в процессе его прохождения через обтекатель ГСН. В ситуации, приближавшейся к критической, пришлось пожертвовать максимальной дальностью полета ракеты и применить более благоприятный для работы ГСН укороченный обтекатель, использование которого несколько увеличило аэродинамическое сопротивление.
В отчете по итогам работ за 1961 г. было отмечено, что из 39 изготовленных ракет В-860 только 22 были использованы при проведении испытаний. при этом лишь 18 пусков дали положительные результаты. В качестве основной причины задержек испытаний указывалось на отсутствие автопилотов и ген. Тем не менее, летные испытания полностью укомплектованных ракет начались в 1961 т. До апреля следующего года было выполнено 22 пуска. В то же время, поставленные на полигон опытные образцы наземных средств огневого канала еще не были состыкованы в единую систему — даже столь взаимосвязанные, как пусковая установка и кабина управления стартом К-3.
Для того, чтобы как можно скорее перейти на стадию совместных испытаний, решением ВПК № 6 от 10 января 1962 г. было предусмотрено сократить число пусков по плану заводских испытаний. К решению проблем с обтекателем привлекались научный потенциал НИИ-17 и производственные возможности фабрики им. А.И.Желябова, которую загрузили изготовлением обтекателя намоткой. Предусматривалось ускорение работ по двухканальному радиовзрывателю и по ускорителям ПРД-81 М на новом топливе, а также скорейшее завершение отработки малошумных электровакуумных приборов для ГСН.
Как уже отмечалось, в соответствии с Постановлением 1959 г., дальность зоны поражения для ракет комплекса С-200 задавалась на уровне 100 км, что существенно уступало заявленным показателям американского аналога — комплекса "Найк-Геркулес". В качестве средства расширения зоны поражения отечественных ЗРК. в соответствии с решением ВПК № 136 от 12 сентября 1960 г., предусматривалось использовать возможность наведения ракет на цель на пассивном участке траектории. после окончания работы двигателя ее маршевой ступени. В связи с тем. что на ракете комплекса С-200 аппаратура задействовалась от бортового источника питания, представлявшего собой турбогенератор, работающий на тех же компонентах топлива, что и двигатель ракеты, для увеличения продолжительности работы этого генератора требовалось доработать топливную систему. Наряду с другими причинами это дало хорошее обоснование для реализации давно наметившейся необходимости увеличения запаса топлива с соответствующим утяжелением ракеты с 6 до 6,7 т и некоторым наращиванием ее длины.
