Комплекс "Куб" должен был обеспечить поражение воздушных целей, летящих со скоростями 420–600 м/с на высотах от 100–200 м до 5–7 км на дальностях до 20 км при вероятности поражения цели одной ракетой не менее 0,7.
Головным разработчиком комплекса определили ОКБ-15 ГКАТ, главным конструктором комплекса — начальника ОКБ-15 В.В. Тихомирова, в прошлом создателя первой советской самолетной РЛС "Гнейс-2". Эта же организация вела работы по созданию самоходной установки разведки и наведения (главный конструктор установки А.А. Растов) и полуактивной радиолокационной головки самонаведения ракеты (главный конструктор головки Ю.Н. Вехов, с 1960 г. — И.Г. Акопян).
Самоходная пусковая установка 2П25 проектировалась под руководством главного конструктора А. И. Яскина в ОКБ-203 Свердловского СНХ, при этом гусеничное шасси для боевых средств ЗРК комплекса создавалось в КБ Мытищинского машиностроительного завода (ММЗ) Московского областного СНХ (ОКБ-40) коллективом, возглавляемым главным конструктором Н.А. Астровым.
Зенитную управляемую ракету 3М9 для комплекса поручили создать КБ завода № 134 ГКАТ под руководством главного конструктора И. И. Торопова, уже успевшему накопить определенный опыт разработки ракет класса "воздух-воздух".
Работы по комплексу должны были обеспечить выход ЗРК "Куб" на совместные испытания во II кв. 1961 г. Фактически они завершились с почти пятилетним опозданием от плановых сроков, отстав на два года от практически одновременно начатых работ по комплексу "Круг". Свидетельством драматичности истории создания комплекса "Куб" стало отстранение от должностей главных конструкторов как комплекса в целом, так и входящей в его состав ракеты в самый напряженный момент работ. Трудность создания комплекса определялась новизной и сложностью принятых в разработку технических решений. При этом, в отличие от процесса создания "Круга", осуществлявшегося с привлечением специалистом ОКБ- 670, разработка комбинированного ракетно-прямоточного двигателя для "Куба" велась в КБ завода N9134 самостоятельно, бригадой В.П. Сироткина.
Уже летом 1958 г. были созданы макетные образцы важнейших радиолокационных средств, в том числе и приемника головки самонаведения непрерывного излучения. Проведенные исследования позволили экспериментально определить характеристики отраженных сигналов от местных предметов и цели при ее полете на разных высотах, подобрать загрубляющие сигналы и уровень развязки перед приемной антенной, определить достижимый уровень фильтрации сигналов. При этом определилась необходимость удаления расположенных на пусковой установке ракет с ГСН на расстояние не менее чем в 100 м от самоходной установки разведки и наведения.
