Это писалось еще при Юлии III. Микельанджело были вновь даны полномочия строить, как он хочет, но неприятности не кончились. В 1560 году, в сентябре, ему пришлось отвечать кардиналу Пио да Карпи, приставленному надзирать за постройкой и высказывавшему свое недоумение. «Я думаю, — гордо писал Микельанджело, — если только не обольщаю себя, что могу с твердостью вас уверить, что так, как стройка идет сейчас, она не может итти лучше». И тут же просил кардинала освободить его от этого бремени, которое он «несет согласно приказаниям пап уже семнадцать лет и безвозмездно». Несколько времени спустя, в том же году, очевидно, на какое-то новое замечание кардинала Микельанджело ответил замечательным письмом, где высказывает несколько теоретических соображений об архитектуре. Оно кончается словами, чрезвычайно характерными для Микельанджело: «Совершенно несомненно, что архитектурные части подобны (dipendono) частям человеческого тела. Кто никогда не умел или не умеет хорошо воспроизвести человеческую фигуру, особенно в том, что касается анатомии, никогда этого не поймет».
Мы не знаем, был ли вразумлен кардинал этими словами маститого художника. Постройка продолжалась. Тамбур был уже готов. Но и годы шли. Купол в замысле Микельанджело занимал главное место, и он много раз изменял свои решения. В конце концов в окончательной модели 1558 — 1561 годов он построил свой купол по образцу купола Брунеллеско, изучение которого он начал не позднее 1547 года. Об этой последней модели рассказывает Вазари: «Хотя Микельанджело и видел, что дело с собором подвигалось мало, все же к этому времени он уже выполнил большую часть фриза над окнами изнутри и извне — двойные колонны кругом тамбура, на котором, как будет рассказано, воздвигнется купол. Лучшие его друзья: кардинал да Карпи, мессер Донато Джанотти, Франческо Бандини, Томмазо деи Кавальери и Франческо Лоттини убеждали его, раз он сам видит, как затягивается возведение купола, сделать, по, крайней мере, модель. Несколько месяцев он не решался, наконец, приступил к работе и мало-помалу выполнил из глины небольшую модель, чтобы можно было по ней, по начерченным им планам и профилям, сделать деревянную модель больших размеров, которую в год с небольшим и выполнил, по его указаниям, мастер Джованни Франчезе, очень аккуратно и внимательно, притом такой величины, чтобы все измерения и пропорции этого маленького храма, имея основою масштаба древнеримскую пядь, совершенно соответствовали размерам храма большего. Тщательно исполнены все части постройки: карнизы, постаменты, капители, двери, окна, колонны, выступы, — словом, каждая частность. Он знал, что для такой постройки меньшего сделать и нельзя, чтобы у христиан и даже во всем мире не было, здания лучше украшенного и более грандиозного».
