Сан Галло сохранил многое из схемы Перуцци, особенно в конструкции главных опорных столбов и в стене, по он прибавил от себя множество капелл и большой вестибюль, что было дальнейшим разрывом с планом Браманте, а к куполу присоединил два остроконечных готических шпиля, резко нарушавших стилевое единство храма.
Микельанджело хорошо знал особенности стройки и резко ее осуждал. Когда он, уступая с великой неохотою желанию папы, приступил к делу, он увидел, что многое из того, что успел построить Антонио, нужно просто уничтожить и сделать по-другому, лучше. Чтобы добиться от папы права распоряжаться, как ему казалось правильным, он должен был сначала преодолеть упорное сопротивление всей подручной компании Сан Галло. Это ему стоило больших трудов, но он добился своего. «В конце концов, — говорит Вазари, — папа одобрил сделанную Микельанджело модель, сообщавшую собору меньшие размеры, но большую грандиозность, к удовольствию всех людей сведущих, хотя кое-кто из слывущих знатоками (на самом деле таковыми не являющихся) ее не одобрил. Он нашел, что четыре основных пилона, сделанных Браманте и сохраненных Антонио да Сан Галло, на которых держится вся тяжесть купола, слишком слабы, и дополнил их двумя витыми лестницами со ступеньками, настолько пологими, что по ним на ослах возят груз до самого верха, равным образом и люди могут ехать на конях до верху арок. Сделал он над травертиновыми арками карниз, идущий кругом, — произведение удивительное, изящное, непохожее на другие; лучше в таком роде и сделать нельзя. Принялся он и за обе большие ниши трансепта, и, где прежде, по плану Браманте, Бальдассаре и Рафаэля, которому последовал также Сан Галло, как мы упоминали, делалось восемь табернаклей, там, со стороны кладбища, доведя их число до трех, он устроил три капеллы, а над ними травертиновый свод и ряд светлых окоп разной формы и огромных размеров».
Но дело шло медленно. Павел III умер, а при Юлии III Микельанджело вновь пришлось защищать свой план чуть не сначала. Еще в 1555 году вновь и вновь возвращался он к критике постройки Сан Галло. Вот что писал он тогда скульптору Амманати: «Мессер Бартоломмео, милый друг! Нужно признать, что Браманте по своему таланту в архитектуре не уступал никому от древности до наших дней. Он составил первый план св. Петра, свободный от путаницы, ясный и простой, светлый и обособленный от всего окружающего, не задевающий дворца. Этот план был признан прекрасным, и это ясно любому человеку и сейчас. Так что каждый, кто отступил от плана Браманте, как это сделал Сан Галло, отступил от истины. Что это так, всякий непредубежденный человек может видеть по его модели. То, чем он окружил храм снаружи, прежде всего отнимает весь свет у схемы Браманте. И не только это: в нем вообще нет никакого другого источника света. Поэтому в нем, наверху и внизу — множество потайных уголков во тьме, которые создают большое удобство для всевозможных бесчинств: для укрывательства бандитов, для работы фальшивомонетчиков, для шашней с монахинями и всякого рода распутства. А при наступлении темноты, когда нужно будет запирать церковь, понадобится человек двадцать пять, чтобы найти жуликов, скрывшихся там, да и того еще будет мало, чтобы выловить их всех. И есть еще другой недостаток: вокруг храма, если осуществить пристройки Сан Галло к плану Браманте, пришлось бы снести капеллу Паолину, помещение Пьомбо, Руоту и многое другое в Ватикане. Не уцелеет, пожалуй, и Систина. Неправда, будто пристройки Сан Галло стоили 100 тысяч скуди; они не обошлись и в 16 тысяч. От сноса их убыток будет невелик, потому что камни от их фундаментов очень пригодятся, а вся постройка сэкономит 200 тысяч скуди и триста лет. Вот мое совершенно беспристрастное мнение, ибо для меня победа в этом вопросе равна поражению. И если вы сумеете дать понять это папе, вы сделаете мне большое одолжение, ибо я не чувствую себя хорошо».
