В 1924 году, после того, как жена о. Василия, забрав всех детей (их у о. Василия было шестеро), ушла от него, не выдержав аскетического уклада жизни о. Василия, он принял монашество с именем Феофан. Продолжает служить в Ильинском храме Нижнего Новгорода.
В октябре 1925 году принимает активное участие в дискуссии о языке в работе обновленческого»Собора III», выступает с речью в защиту реформ церковной жизни и, в частности, о введении в практику богослужения русского языка, как самую полезную меру для возвращения в лоно Православной Церкви отступников, сектантов и неверующих. Миссионерская активность о. Феофана не могла не вызвать беспокойства властей и обновленческого епископата. Было принято решение о его смещении и ликвидации общины и начато его осуществление. Приехавший для ревизии епископ Александр (Лавров), побывав на богослужении, отказался участвовать в расправе, в наказание за что был переведен Введенским в Вологду. На смену епископу Александру был прислан митрополит Иерофей Померанцев (постриженник архимандрита Сергия Страгородского), которому также было поручено ликвидировать общину, о чем он при отъезде сказал:«Мне поручено было вас разогнать, но я не мог этого сделать, так как мне понравилось ваше уставное богослужение на русском языке».
Вскоре приехал митрополит Иоанн (Миртов), который быстро договорился с НКВД об образе действий. Отец Василий стал готовиться к аресту и послал письмо Нижегородскому митрополиту, и. о. Местоблюстителя Патриаршего престола Сергию (Страгородскому), в котором приносил покаяние в обновленчестве. Одновременно с этим готовил себе преемника.
После возвращения в патриаршью церковь о. Феофан получил от митрополита Сергия благословение на русскоязычное богослужение с практикуемыми в общине особенностями, при этом было сделано важное дополнение:«Руководствуясь примером покойного Святейшего Патриарха, я не нахожу препятствий к тому, чтобы Преосвященные епархиальные архиереи, если найдут полезным, разрешали иеромонаху Феофану (или другим) то же самое и каждый в своей епархии». Это постановление»О принятии в общение со Св. Церковью и о допущении русского языка в церковном Богослужении»было напечатано в»Журнале Московской Патриархии»№5 за 1931 год.
9 декабря 1931 года после всенощной на Знамение Божией Матери о. Феофан был арестован и в 1932 году сослан в с. Суянки Красновишерского района Пермской области, затем находился в с. Чердынь того же района.
