Александр Ковалевский и Илья Мечников собирали много лет материал для теории зародышевых пластов. В серии работ они показали, что большинству животных свойственны три зародышевых пласта. Исключениями являются простейшие (но это одноклеточные животные, здесь не может быть и речи о пластах), губки (у них только два пласта) и кишечнополостные (два пласта, но внутренний пласт уже несет в себе зачатки третьего пласта). Эти исключения не подрывают теории зародышевых пластов: третий пласт — новое качество, приобретенное на пути эволюционного развития, и вполне понятно, что его нет у низших групп. Открытие трех зародышевых пластов и у ракообразных, паукообразных, насекомых имело огромное значение: идея единства способов закладки органов во всех типах животного мира (начиная с кишечнополостных) получила блестящее подтверждение.
Попытки Вейсмана и других антидарвинистов выделить насекомых в особую, непохожую по своему развитию на других животных, группу не имели успеха. Общий закон эмбрионального развития многоклеточных животных, наличие в процессе роста зародыша трех зародышевых листков был распространен Мечниковым и на насекомых.
Еще большее значение, чем многочисленные конкретные открытия, имело то общее эволюционное дарвинистское направление, которое Мечников и Ковалевский придали развитию эмбриологии. Дарвин считал сравнительную эмбриологию одним из самых серьезных доказательств своей эволюционной теории наряду с палеонтологией («геологическая летопись», которая сохранилась, к сожалению, далеко не полностью), сравнительной анатомией и физиологией, географическим распределением организмов и так далее. Это видно из «Автобиографии» Дарвина, в которой он пишет: «За время, что я был занят своим «Происхождением видов», ничто не доставило мне такого глубокого удовлетворения, как объяснение замечаемого во многих классах значительного различия между зародышем и развитым животным, при полном почти сходстве зародышей у всех представителей того же класса».
Уже намеченное Дарвином в «Происхождении видов» взаимоотношение между индивидуальным развитием организмов — онтогенезом — и развитием вида— филогенезом — привело к сформулированию так называемого «биогенетического закона».
Этот закон гласит, что онтогенез в сокращенном виде повторяет филогенез, то есть, что каждый организм во время своего индивидуального развития вкратце повторяет основные этапы исторического развития данного вида животных.
