5 октября Жильбера призвали на военную службу в качестве рядового 92-го пехотного полка (Regiment d’lnfanterie), расквартированного в Клермон-Ферране. 23 апреля следующего года, закончив «курс молодого бойца», он был переведен в Версаль в полк саперов-воздухоплавателей (Regiment de Sapeurs-Aerostiers). 1 сентября Жильбер стал капралом (Caporal) и вскоре после этого приступил к сдаче экзаменов на диплом военного летчика. Во время полета 24 октября, заходя на посадку в непосредственной близости от железнодорожных путей, он не обратил внимания на подходящий поезд, и легкая «этажерка» была буквально опрокинута воздушной волной. В то время авиаторы еще не осознали необходимость привязных ремней, и летчика выбросило из кабины потерявшего управление самолета…
Травмы оказались серьезными, так что снова Жильбер сумел подняться в воздух лишь 3 марта 1912 г., продолжив зачетные полеты, необходимые для военного «бреве». Серия дальних перелетов была завершена 31 августа, после чего новоиспеченному военному летчику (диплом № 120) присвоили чин сержанта (Sergent) и направили в 1 — ю эскадрилью, оснащенную самолетами «Анри Фарман» и приписанную к 1 — му армейскому корпусу. Осенью авиачасть приняла участие в военных маневрах, проходивших на севере Франции, и этот эпизод завершил военную службу Жильбера.
Демобилизовавшись в октябре, Эжен получил работу на моторостроительной фирме «Рон» (Societe des Moteurs Le Rhone) в качестве «рекламного» пилота, в обязанности которого входило участие в различных гонках и рекордных полетах на аэропланах «Соммер», «Моран», «Депердюссен» и «Фарман», оснащенных двигателями фирмы. Летом 1913 г. после очередных гонок Жильбер был награжден Военной Медалью.
3 августа 1914 г. Франция объявила войну Германии и мобилизацию резервистов. Через несколько дней Жильбер стал одним из летчиков эскадрильи MS23, сформированной сразу после начала войны и получившей реквизированные «Парасоли», построенные для Турции. Сначала Эжену присвоили звание капрала, но через полторы-две недели ошибка была исправлена, и он снова получил сержантские нашивки.
10 августа эскадрилья отправилась на фронт. В середине месяца (14-го или 16-го числа) Жильбер едва не стал жертвой «дружественного огня»: во время захода на посадку его самолет обстреляли из винтовок солдаты пехотной части, проходившей маршем по дороге недалеко от аэродрома. К счастью, в то время в курс боевой подготовки еще не входили тренировки в стрельбе по воздушным целям, и авиатор отделался лишь неприятными ощущениями.
