Немецкая ПВО противодействия не оказала, но авиатора подвел собственный аэроплан. Из-за длительной вибрации не выдержала пайка в месте соединения бензопровода с баком. Попытки приладить оторвавшуюся трубку на место, закрепив ее подручными материалами, ни к чему не привели. Понимая, что на бензине, оставшемся в расходном бачке, до линии фронта не дотянуть, Жильбер решил совершить посадку на территории нейтральной Швейцарии, рассчитывая быстро устранить неисправность и продолжить полет. Осуществлению хорошей идеи, как всегда, помешала случайность: на пробеге «Парасоль» попал в канаву и скапотировал. Несколько минут спустя пилот уже беседовал с местным полицейским.
Швейцарцы отремонтировали самолет и включили в состав своих ВВС под серийным номером 31, сохранив французские кокарды (так как аппарат числился лишь «задержанным до конца войны»). Летчика же с комфортом поселили в отеле, взяв честное слово, что он не покинет территории страны.
21 августа Жильбер, не оценив по достоинству гостеприимства «нейтралов», написал письмо, в котором официально отказался от данного слова, а затем просто сел на поезд, отправлявшийся в Париж. Однако через несколько дней швейцарское правительство подало протест, и французские власти официально приказали беглецу вернуться обратно. На этот раз его уже без всяких поблажек отправили под арест вместе с остальными интернированными французами, среди которых находился и будущий ас Жорж Мадон (Georges Madon, 41 победа). Со временем охранники стали менее бдительны, и 25 октября Эжен еще раз «ушел, не попрощавшись». На следующий день он был уже в Париже, но вскоре опять получил приказ вернуться…
5 февраля 1916 г. в лагере для интернированных отмечался какой-то праздник с присутствием большого числа гражданских лиц. Жильбер с двумя «собратьями по несчастью» переоделись в «цивильную» одежду и спокойно прошли через ворота. Однако третья попытка оказалась самой неудачной: поднялась тревога и беглецов арестовали. Следующим местом содержания Жильбера стала тюрьма, но и оттуда он умудрился бежать. Проникнув через вентиляционную шахту в подвал, узник через окно выбрался на улицу, где его уже ждал автомобиль французского репортера, организовавшего этот побег. Неделю летчика прятали где-то в Швейцарии, а затем 1 июня перевезли через границу. На этот раз власти позволили ему остаться во Франции.
Еще в 1911 г. Жильбер повредил барабанную перепонку, а после нескольких месяцев тюремного заключения состояние его здоровья заметно ухудшилось: подъем на высоту причинял сильную боль (судя по всему, летчик страдал от хронического отита), так что дорога на фронт теперь была для него закрыта. В течение последующих двух лет он испытывал новые самолеты, главным образом «Мораны». 17 мая 1918 г. в очередном испытательном полете его машина на пикировании развалилась в воздухе. Три дня спустя в Версале состоялись похороны, на которых присутствовали официальные лица и знаменитые авиаторы.
