Возмущенный выходками гугенотов, Антуан поклялся отомстить за поругание праха своих родителей. Он объявил о лишении супруги всех прав и заключении ее в крепость. Приведение приказа в исполнение было поручено Блезу де Монлюку, известному своей непримиримостью к еретикам, однако тот сплоховал, и Жанне удалось, ускользнув от преследования, благополучно добраться до Беарна. Правда, из-за пережитых волнений ее самочувствие резко ухудшилось, что вызывало сильную тревогу у Генриха, разрывавшегося между матерью и отцом, уважения к которому он никогда не терял. Слухи о его тщеславии, непостоянстве и разгульной жизни не доходили до него — или он просто не верил им. Для него отец был прежде всего славным командиром, популярным среди солдат благодаря отваге и демонстративному презрению к опасности.
Первая Религиозная война между католиками и протестантами была в разгаре, и Антуан Бурбон, командовавший королевской армией, не имел возможности уделять достаточного внимания сыну и потому беспокоился за его безопасность. Обе воюющие стороны были не прочь заполучить его в качестве заложника и средства давления на противника. Полагая, что даже при королевском дворе, постоянно перемещавшемся по ходу военных действий, Генрих не будет надежно защищен, Антуан решил отправить его в замок Монтаржи под опеку Рене Французской, герцогини Феррарской. Выбор представлялся разумным, поскольку старая дама, дочь короля Людовика XII, пользовалась всеобщим уважением. Правда, и там не обошлось без приключений. Несмотря на принятые меры безопасности, гугеноты попытались похитить мальчика. Однажды ночью он был разбужен какими-то незнакомыми людьми, хотевшими забрать его с собой. Еще не понимая, явь ли это или сон, Генрих закричал. Когда выяснилось, что эти люди были присланы его матерью, дабы привезти его в родные беарнские пределы, он пожалел, что переполошил своим криком весь замок, но было поздно. Вдобавок ко всему юный здоровяк умудрился заболеть корью, притом настолько серьезно, что опасались за его жизнь. Однако его час еще не пробил, и болезнь отступила. Встревоженный Антуан выбрал время, чтобы посидеть у изголовья больного, утешить его словом и препоручить заботам врачей, которые сумели выходить пациента. Долго оставаться у постели сына он не мог, поскольку начатая королевской армией осада Руана, захваченного гугенотами, требовала его присутствия там.
Больше отцу с сыном не суждено было свидеться. О последних днях жизни Антуана Бурбона поведал в свойственной ему анекдотической манере всезнающий сплетник Брантом. 16 октября у стен Руана велся ожесточенный бой, и Антуан находился на линии огня, в пределах досягаемости прицельной стрельбы. Прямо в окопе ему подали обед, насилу уговорив его укрыться за бруствером. Паж, наливавший ему вино, был сражен пулей на его глазах. Одного из командиров, неподалеку справлявшего малую нужду, постигла та же участь. Антуан, в пылу сражения презиравший любые меры предосторожности, вышел из укрытия, направившись по той же нужде и к тому же самому месту, где только что был убит его боевой товарищ, и тут же был ранен в левое плечо выстрелом из аркебузы. Рана была тяжелой, но, по мнению врачей, несмертельной. В расположении своих войск главнокомандующий, за которым ухаживала его возлюбленная, прекрасная Луиза де ла Беродьер, герцогиня де Шательро, находился между жизнью и смертью. И тем не менее он пожелал вступить в город, наконец-то взятый его войсками: на носилках солдаты пронесли его по главным улицам Руана. Затем его перенесли на судно, чтобы перевезти в Париж, однако во время остановки в Андели 17 ноября 1562 года он скончался на руках своей возлюбленной. И на пороге смерти продолжались его духовные метания: перед посадкой на судно его исповедал и причастил католический пастор, на борту ему читал Евангелие его медик-кальвинист, а незадолго перед тем как испустить последний вздох, он дал обет принять, если останется жив, Аугсбургское вероисповедание — лютеранство. Последние слова он пробормотал на ухо своему камердинеру, которого, чтобы тот лучше слышал, притянул к себе поближе за бороду, — это был наказ заботиться о его сыне и побуждать его «хорошо служить королю». Самого Генриха из соображений безопасности не решились привезти к умиравшему отцу.
