Вскоре после отъезда королевы Наваррской выступила в поход армия Конде. Сначала она двинулась на Париж, но затем внезапно переменила направление, двинувшись на Орлеан, и к великому удивлению многих, 2 апреля город был захвачен гугенотами. Это было уже началом войны. В последующие несколько недель в руках протестантов оказались Тур, Блуа, Ле-Ман, Анжер, Руан, Баланс и Лион.
Перед отъездом Жанна потребовала от сына под страхом лишения наследства поклясться никогда не ходить на мессу. Однако Антуан Бурбон распорядился по-своему: прежний наставник Генриха гугенот Ла Гошри получил отставку, а новому, католику Жану де Лосу, было дано указание «отвращать ребенка от его религии и воспитывать в римском духе». В ближайшие пять лет Генриху предстояло тесное общение с кузенами Валуа, он делил с ними школьные занятия и игры. В отличие от них, болезненных и нервных, маленький румяный беарнец отличался крепким физическим и психическим здоровьем. Низкорослый и коренастый, он даже внешне резко отличался от своих долговязых и бледных кузенов. Взяв на себя заботы по воспитанию сына, Антуан Бурбон пообещал своим испанским благодетелям в кратчайшие сроки вернуть его в лоно католической церкви, однако мальчик упорно сопротивлялся. Даже под угрозой подвергнуться порке он отказывался, исполняя данное матери обещание, отправиться в церковь на мессу. Дошло до того, что он заболел или, как заподозрили, учитывая его отменное здоровье, умело прикинулся больным, лишь бы не присутствовать на обряде. И все-таки «настоящий беарнец» в конце концов сдался. 1 июня 1562 года на мессе королевского ордена Святого Михаила он был торжественно посвящен в его рыцари, поклявшись хранить верность католической вере и умереть за нее. Так в свои неполные девять лет он впервые пошел на компромисс — а сколько их еще будет в его жизни! Париж стоит мессы…
Долготерпение Антуана Бурбона, много позволявшего себе и потому не требовавшего слишком многого от других, к тому времени лопнуло не в последнюю очередь из-за вестей, поступавших из Вандома, куда в первых числах мая прибыла его ссыльная супруга. Где бы ни появлялась Жанна д’Альбре, восторженно приветствовавшие ее гугеноты принимались бесчинствовать, точно сорвавшись с цепи. Так случилось и на этот раз. Толпы ее приверженцев устремились в церкви города, подвергая их разграблению, а затем ворвались в расположенный на возвышении герцогский замок, чтобы проделать то же самое с расположенным там храмом Святого Георгия. Прямо на глазах у королевы Наваррской они вскрыли могилы и выбросили из гробов останки покойников, в том числе и родителей Антуана — Шарля Вандома и Франсуазы д’АЛансон. Та же участь постигла и погребение первенца Жанны, малолетнего герцога де Бомона. Она даже если и не подстрекала толпу к святотатственному вандализму, то ничего не сделала, чтобы пресечь бесчинства. Не было более действенного способа скомпрометировать протестантизм в глазах благонамеренных и благоразумных людей. Охваченная запоздалым раскаянием, Жанна обратилась с покаянным письмом к своему духовному наставнику Теодору де Безу, который в ответном послании хотя и не возложил на нее ответственность за свершившийся акт вандализма, однако безоговорочно осудил его.
