12 января маркиз де Тавора и еще одиннадцать дворян предстали перед судом и были приговорены к казни за покушение на жизнь короля. Приговор был приведен в исполнение[33]. Во время суда Помбаль доказал, что кое-кто из двенадцати обвиняемых поддерживал тесные отношения со Священным Альянсом — шпионской организацией римского папы и что все они были иезуитами[34]. В тексте приговора было отмечено, что герцог де Авиеро, действовавший с целью вернуть дворянам былое влияние при дворе, пришел к соглашению с иезуитами о том, что цареубийство может считаться не смертным, отпускаемым грехом.
19 января был издан королевский декрет об изгнании из страны всех иезуитов и конфискации их имущества на территориях, подвластных короне. Климент XIII получил официальное уведомление об этом на следующий же день. Постоянные протесты Святого престола правительству в Лиссабоне привели лишь к автоматическому выдворению папского нунция 15 июня 1760 года. Охота на иезуитов началась по всей Европе, так что Священному Альянсу предстояло пережить тревожные моменты пребывания в неизвестности относительно того, что следовало делать и кому посылать сообщения.
Папа обвинял свою разведывательную службу в том, что она не уведомила его об операциях, которые проводил отец Лавалетт. А шпионы Святого престола отрицали свою вину, аргументируя это тем, что с самого начала понтификата Бенедикта XIV число агентов сильно сократили, так что щупальца Священного Альянса не просто сильно укоротились, но оказались фактически ампутированными.
Третий, последний, акт трагедии иезуитов разыгрался в 1767 году, 27 марта, когда после мятежа Эскилаче король Карл III, который сменил на испанском престоле своего брата Фердинанда IV, скончавшегося в 1759 году, приказал изгнать иезуитов «из всех доминионов, Индий, с Филиппинских островов и прочих колоний… чем должны заняться управители всех означенных территорий». От этого удара испанского монарха больше всего пострадали католические миссии. Следуя примеру Португалии, Франции и Испании, великий магистр Мальты 22 апреля 1768 года также подписал указ об изгнании ордена и сообщил римскому папе, что ему пришлось сделать это ввиду его договоренностей с королевством Неаполь. В том же году герцогство Парма также вступило на путь преследования иезуитов.
Формальные протесты Климента XIII и буллы против принятых мер привели к тому, что французские войска заняли Авиньон и графство Венессен; Неаполь оккупировал папские города Беневенто и Понтекорво; Парма пригрозила Его Святейшеству, что введет свои войска в папские области, если папа не отзовет свои буллы и осуждении. В январе 1769 года послы Испании, Франции и Неаполя в Риме формально обратились к папе Клименту XIII с просьбой о полном запрете ордена иезуитов. Папа готовился к сопротивлению, но через несколько дней скончался от апоплексического удара. Окончательную же точку в этом вопросе поставил следующий папа, Климент XIV.
