Но не хозяйственные поручения составляли главную часть службы о. Феофана. Когда митрополит близко узнал его, он стал во многих делах спрашивать его совета, поручал ему секретные дела, в особенности же сделал его помощником своим в трудах по устроению и обновлению монастырей, большинство которых, после введения штатов, находилось тогда в самом печальном состоянии. Во-первых, они были лишены средств к существованию, так как обеспечение недвижимою собственностью, которая постепенно составилась у обителей из пожертвований разных лиц на помин души и по усердию, было отобрано Екатериною Второю в казну; во-вторых, настоятелями назначались ученые монахи, большею частью из Киевской академии, которые, проходя в то же время должности учебно-воспитательные, не имели времени заниматься монастырями, и, не получив сами иноческого воспитания, не могли иметь влияния на братию.
Ревнуя о восстановлении падавшего монашества, служа сам примером иночества, издав в поучение иноков такой ценный памятник, как перевод на русский язык "Добротолюбия", митрополит искал духовных старцев, которые могли бы посвятить себя самоотверженно делу внешнего и внутреннего обновления обителей. Зная многих замечательных иноков, о. Феофан указывал на них митрополиту, и таким образом были вызваны — знаменитый Саровский подвижник Назарий, обновивший Валаам, Игнатий — первый архимандрит из неученых, назначенный в знаменитый Тихвин и восстановивший его и вслед затем блистательно воссоздавший древнюю, славную Симонову (Московскую) обитель, которая раньше была обращена в казарму кавалерийского полка!.. Макарий — в Песношский монастырь. Был приведен в порядок Клопский (Новгородский монастырь). Наконец, митрополит назначил о. Феофана строителем Моденского монастыря, где он привел в порядок старые и выстроил новые здания, завел чинное богослужение и порядок в жизни братии, так что, по слухам о настоятеле, стало приходить в монастырь много новых иноков.
В 1793 г. белозерские жители донесли митрополиту о крайнем упадке древней обители преп. Кирилла Новоезерского и просили назначить опытного настоятеля; митрополит выбрал о. Феофана.
До кончины митрополита его доверие принадлежало о. Феофану в полной степени. В письмах своих он спрашивал у о. Феофана советов, и игумен часто уезжал в Петербург.
Обитель, расположенная на небольшом острове, на озере Новом, была в крайнем запущении. Братии было десять человек, постриженных двое; богослужение отправлял наемный священник, из белого духовенства, скудость была полная, здания падали. За время тридцатишестилетнего управления о. Феофана обитель преобразилась. Обновив дух иноческий, о. Феофан собрал многочисленную братию; заведя чинную службу, привлек богомольцев, возбудил усердие к обители и богатые жертвы. Он обновил и величественно расширил собор, выстроил почти вновь две церкви, воздвиг колокольню, возвел двухэтажные здания келлий и обвел остров на протяжении 250 сажен каменною с башнями оградою, выстроенною на сваях, вбитых в воду, соединил монастырь с ближайшим островом мостом в 140 сажен.
