Значительны были труды его и по внутреннему устроению обители. Он ввел в ней общежитие, строгий чин богослужений, торжественное отправление служб, столповое пение, непрерывное чтение псалтири, постоянные занятия для братии.
Для удобства наблюдения за жизнью иноков, о. Феофан установил жилья в три келлии, чтоб новоначальные находились под присмотром старших. Больше всего старался он управлять посредством убеждения, и поучал братию и наедине, и в полном собрании, после трапезы. Он не любил обличать в лицо, но, заметив недостаток инока, говорил о том в виде общего наставления братии. Его простые, дышавшие убеждением и кротостью поучения, производили неотразимое впечатление.
Но сильнее всего действовал его пример. Он не пропускал ни одной службы, исполнял с братиею все послушания, работал на полях, ел в трапезе, носил самую бедную одежду и не имел имущества. При таком управлении старца число иночествующих быстро возросло до 80 человек. Но не на иноков только новоезерских имел влияние о. Феофан. Назначенный благочинным нескольких монастырей, он заботился об их духовном преуспеянии, особенно же плодотворны были его заботы о Горицкой женской обители, которая находилась под управлением опытной и благочестивой игумении Маврикии и в которой он бывал несколько раз в год. Приезжая в монастырь, он подолгу, после службы, беседовал с инокинями. Некоторые из бесед ими записаны. Особенно настаивал он на снискании добродетели смирения; о внешних аскетических подвигах, в применении их к Горицкой обители, где были инокини разного звания, о. Феофан держался мнения, что они должны быть применяемы по мере сил и со вниманием к прежним привычкам инокинь.
Кроме иноков, к о. Феофану обращалось много мирских лиц. Он принимал всякого; наставления его имели то свойство, что как будто бы служили поучением скорее самому о. Феофану, чем его собеседнику; и беседою своею старец доводил его до того, что собеседник высказывал сам нужную для себя истину, а о. Феофан служил возбудителем в нем душевной теплоты. Если приезжие желали, о. Феофан по глубокому смирению своему, приходил по их зову в гостинницу; когда же посетитель уходил от него, он всякого провожал до сеней и на крыльцо. Многие объясняли ему свое положение в письмах, на которые он отвечал с заботливостью; особенно замечательны письма его к мирским лицам, которые впоследствии стали монахинями горицкими; в них о. Феофан поддерживал первые проявления религиозной ревности, которая впоследствии проявлялась в пламенном чувстве воодушевления. Лиц, живущих в миру, предостерегал от пристрастия к мирским обычаям, объясняя их вред, и внушал верность к Церкви.
