Однако, несмотря на предпринимавшиеся им повышенные меры предосторожности, его все же арестовали на одной из конспиративных квартир. Историю своего ареста Саддам рассказывал следующим образом: «Меня арестовали 14 октября 1964 года и заключили в Главное управление безопасности. Трудно даже описать вид этого управления… Отовсюду раздавались стоны человеческой боли и страданий. Хотя мой арест произошел через полтора месяца с начала волны террора, череда пыток к этому моменту не прекратилась. Возможно, что мне пришлось пережить меньше, чем другим, ибо они стали ограничиваться американскими методами — меня связывали сзади и на три дня оставляли на стуле без сна».
Саддама приговорили к двум годам заключения. Любопытно отметить, что его повествование о «годах испытаний» напоминает отсидку другого молодого революционера — Иосифа Сталина. Хусейн «подверг себя строгой дисциплине, вставал рано, упорно работал, много читал, был одним из основных выступающих перед товарищами по тюрьме». О прочитанных им книгах он говорил: «Я читал произведения мировой литературы, марксистские книги… Из всех мировых мыслителей я больше всего читал Ленина, чувствуя удовлетворение от прочитанного, ибо он находил решение жизненных проблем с помощью самой жизни. Затем прочитал и Мао Цзэдуна. Этих двоих я изучил, пожалуй, лучше других марксистских лидеров. Не выступая против марксизма, я считаю в то же время, что необходимо поддерживать взаимодействие с общечеловеческой мыслью, сохраняя разумный духовный и индивидуальный подход, предполагающий, что неверно умалять значение нации. Я считаю, что нация может обогатить марксизм, заставив его критически взглянуть на себя… Я верю в это и именно так рассматриваю потенциал нации. Вместе с тем я всегда выступаю против механического перенесения или заимствования чужого, но также и против самоизоляции и автаркии».
Разъясняя свою позицию, Саддам продолжал: «Я уважаю революционеров-марксистов, вооруженных марксистской мыслью, однако у меня нет уважения к коммунистам, которые превращают связь между ними и марксистской теорией в мост Для установления отношений зависимости с другими странами мира… В своем подходе я, конечно, не ставлю на одну доску СССР и США, но не делаю и различия между теми, кто зависит от Америки, и теми, кто подчиняется Советскому Союзу». Уже одних этих слов достаточно, чтобы понять, почему даже в лучшие годы советско-иракских взаимоотношений в Кремле всегда смотрели на Саддама как на опасного и ненадежного партнера.
