Казалось, все хорошо, если бы не ряд больших НО! К 1909 году в строй наконец вошли почти все корабли, заказанные в период русско-японской войны, но техника двигалась вперед такими темпами, что лодки к этому времени морально устарели. Достаточно сказать, что лодки типа "Кайман" имели деревянную палубу толщиной 7,5 см. Если лодка долгое время не погружалась, на солнце дерево рассыхалось и коробилось. Наоборот, если субмарина плавала под водой длительное время, палуба разбухала и вспучивалась. Это грозило потерей плавучести. Ликвидировать "деревянный американский подарок" не представлялось возможным, так как он играл роль как бы поплавка, имеющего плавучесть 16-17 т, т.е. без него "Кайманы" не могли держаться на воде.
Неудачная конструкция привела к тому, что тот же "Кайман" был принят от верфи 20 ноября 1909 года, а зачислен в состав действующего флота 25 ноября 1911 года, так долго шло устранение недоработок. Дальность плавания надводным ходом по проекту составляла 4000 миль, прекрасный показатель, но в итоге по испытаниям установили, что в реальности эта цифра – 720 миль. В 1907 году вошла в строй подводная лодка "Судак", построенная за год, но она создавалась по проекту американской лодки "Фультон" образца 1901 года. Не удивительно, что уже через 5 лет эту "рыбу" пришлось ставить в капитальный ремонт.
Предлагались качественные и оригинальные отечественные проекты.В 1909 году вошла в строй первая в мире подлодка с дизельным двигателем "Минога". В том же году построена подлодка "Почтовый" (такое необычное название связано с тем, что она была построена на добровольные пожертвования в основном работников почтового ведомства), которая стала первой в мире подлодкой с единой двигательной установкой. Ее дизели под водой работали от запаса кислорода в баллонах. По проекту известного русского конструктора И.Г. Бубнова заложена в 1906 году подлодка "Акула", но она строилась до 1911 года. В 1909 году начали строить первый в мире подводный минный заградитель "Краб", но до начала войны в строй он так и не вступил. Все вышеназванные корабли остались в единственном экземпляре. Причем только "Минога" и "Акула" проектировались с учетом опыта войны, но даже они не были свободны от недостатков. "Акула" могла держаться в море две недели, но запас смазочного масла выбрали слишком малым, и его явно недоставало, приходилось брать банки вместо запасной торпеды или складировать их в трюме. При касании грунта в первую очередь выходил из строя руль и средний винт, а только с его помощью лодка могла двигаться под водой, т.к. два других винта работали от дизелей только в надводном положении. "Минога" из-за малых размеров имела очень тяжелые условия обитания, которые ограничивали ее боеспособность.
