Бронировались также маслопровод, маслорадиаторы и втулка винта. Общий вес брони на самолете составил 895 кг.
Бронирование летчика и винто-моторной группы на самолете Су-6 стало аналогично самолетам Ил-2 и Ил-10. Но толщины брони на Су-6 были распределены менее рационально, чем на Ил-10.
Стрелок на Су-6 защищался надголовником и прозрачной броней на блистерной установке, чего не было на самолетах Ил-8 и Ил-10.
Летчик-испытатель Г.И. Комаров начал проводить заводские летные испытания 22 февраля 1944 г. На самолете установили две пушки ОКБ-16 (96 снарядов), два пулемета ШКАС (1350 патронов) и один пулемет УБТ (196 патронов). Целью испытаний были: отработка ВМГ, изучение поведения самолета на сверхмаксимальных скоростях, качественная оценка нагрузок на органы управления, получение основных летных характеристик, летно-тактическая и эксплуатационная оценка.
Всего за период с 22 февраля по 21 марта было совершено 8 полетов с общим налетом 4 часа 20 минут. Получены следующие летные данные: максимальная скорость у земли – 490 км/ч, длина разбега – 420 метров, скорость отрыва – 170- 180 км/ч, скорость планирования (с отклоненными щитками) – 230 – 240 км/ч, скорость на высоте 380 м – 497 км/ч.
ВМГ на всех режимах работала устойчиво. При пикировании (на сверхмаксимальной скорости) показатель доходил до 530 км/ч. В поведении самолета отклонений не было. Для уменьшения нагрузок на ручку и педали управления от рулей были изменены осевые и роговые компенсации.
В заключении отчета о проведении заводских летных испытаний, составленном начальником ЛИС Е.С. Фельснером, ведущим инженером В. П. Балуевым, ведущим летчиком Г. И. Комаровым и утвержденном П. О. Сухим, говорилось, что самолет Су-6 с АМ-42 может быть передан на госиспытания.
В период с 28 апреля по 2 июля 1944 г. самолет прошел в НИИ ВВС государственные испытания. За это время произведено 24 полета с общим налетом 10 часов 25 минут.
Ведущим летчиком был генерал-майор авиации А.И. Кабанов, вторым ведущим летчиком – инженер-майор Синельников. В облетах участвовали подполковник Долгов, штурманы-испытатели капитан Ковынев и старший лейтенант Филиппов.
При испытаниях были определены только основные летные данные самолета, причем пушки ОКБ-16 заменили пушками «ВЯ», а в установку БЛУГ внесли некоторые улучшения.
Проверка бомбардировочных установок производилась отработкой на земле, растрясочными полетами и бомбометанием с горизонтального полета. Отказав в их работе не зафиксировано.
