Одновременно КБ подготовило чертежи для войсковой серии с изменениями, улучшающими эксплуатацию самолета. Броню летчика ввели в конструкцию фюзеляжа, козырек фонаря сделали из трех бронестекол, броню включили в конструкцию подвижной части фонаря, в бронеспинке сделали окна из прозрач
ной брони, конструкцию киля выполнили из дерева, установили колеса размером 800x200 вместо 750x250, увеличили угол капотажа (за счет выноса колеса на 62 мм), щитки шасси с амортизационной стойкой перенесли на центроплан.
По устному распоряжению наркома авиационной промышленности А.И. Шахурина завод № 289 начал изготавливать детали и агрегаты для малой войсковой серии Су-6 (пять летных машин) и одного планера для статических испытаний. Таким же распоряжением в конце июля эти работы были приостановлены, а самолеты законсервированы.
Сухой, с разрешения наркома, с августа 1942 г. строит два экземпляра одноместных модифицированных Су-6. На них устраняются все дефекты, отмеченные на госиспытаниях в НИИ ВВС.
Центроплан самолета с заводским обозначением Су-6 (СА) остался цельнометаллическим, с двумя лонжеронами.
Он имел ниши, в которых размещались в убранном положении стойки шасси с колесами-полубаллонами размером 800x260 мм. При полностью убранном шасси ниши закрывались двумя створками.
Каждая опора шасси состояла из амортизационной стойки, верхняя часть которой заканчивалась стальной траверсой, служившей для крепления стойки к центроплану; и заднего подкоса с гидравлическим подъемником, предназначавшимся для уборки опоры. Схема уборки следующая: стойка, вращаясь около оси крепления траверсы, уходила назад, а колесо при этом поворачивалось вокруг оси стойки на 90° и полностью оказывалось в центроплане. Подъемник шасси приводился в действие гидросистемой с помпой, работавшей от мотора. Амортизатор – масляно-воздушный, с торможением на обратном ходе.
В деревянных отъемных консолях с двумя металлическими лонжеронами размещалось стрелковое вооружение, доступ к которому осуществлялся через люки. На нижней поверхности консолей имелись узлы для установки шести РО-82 или РО-132 и предусматривалась свободная подвеска для двух бомб.
В носках консолей были заложены чугунные противовесы, повышавшие критическую скорость флаттера крыла. Посадочные щитки металлической конструкции, элероны металлические, с обтяжкой полотном. Левый элерон с триммером. Возможность потери поперечной устойчивости на больших углах атаки предотвращалась применением автоматических цельнометаллических предкрылков, располагавшихся по носкам консолей крыла в зоне элеронов.
