Наконец, в выборе места для поселения на Колыме, когда на ней еще не было других зимовий, немаловажную роль сыграло и то, что до Среднеколымска могли свободно подниматься морские кочи. Зимовье это находилось примерно на равноудаленном расстоянии от устья до верховьев реки, и это давало возможность посылать экспедиции для сбора ясака по всему Колымскому краю.
Среднеколымские юкагиры-омоки, состоявшие из трех родов: Калянина, Аливина и Алаева, попытались было оказать сопротивление установлению русской власти. Стадухин и Зырян были вынуждены предпринять поход против «юкагирских мужиков-омоков». Завязался бой. Русские отвечали на юкагирские стрелы залпами из пищалей, сходились врукопашную.
Дежнев отличился в бою, убив «лутшево мужика Алаева брата». Сам Алай считался одним из самых влиятельных юкагирских князцов на Колыме. Русские смогли взять в плен Алаева сына Кениту и другого юкагира — Каляну. Их содержали в качестве аманатов в Среднеколымском зимовье. В бою Дежнев снова был серьезно ранен. «А меня, — писал он, — холопа твоего, в левую руку по завити железницею насквозь прострелили».
Юкагирские князцы признали свое поражение и согласились платить ясак. Между русскими и юкагирами наладились мирные отношения. В Среднеколымском зимовье шла оживленная меновая торговля. Сюда съезжались окрестные юкагиры, чтобы выменять шкурки на домашнюю утварь и другие полезные в хозяйстве предметы. Пополнялась мягкой рухлядью ясачная изба. Собирая ясак, казаки посещали ближние и дальние поселенья и кочевья юкагирских родов.
Так продолжалось три года. Пообносились казаки, истосковались по хлебу, питаясь рыбой, олениной, грибами да ягодами. В 1645 году Стадухин и Зырян решили с половиной отряда и собранным ясаком плыть морем до ленского устья, а далее Леной до Якутска. На Колыме осталось всего тринадцать человек во главе с Семеном Дежневым и Вторым (Втором) Гавриловым.
Проведал злопамятный князец Алан, тот самый, брата которого убил собственноручно Дежнев, что опустел острожек и осталась в нем лишь малая горстка защитников. Целая орда, человек пятьсот, под предводительством Алая, ринулась на штурм острожка. Не остановили их натиска защитники и «огненным боем». Падал один из нападавших, а десятки устремлялись вперед. Пока успевали русские перезарядить пищали, Алаевы воины карабкались на частокол и врывались вовнутрь острожка, испуская воинственные возгласы. Положение защитников становилось критическим.
