Чтобы закрепиться в земле воинственных юкагиров, предстояло создать опорные пункты, укрепленные острожки. Среди исследователей долго бытовало мнение, что, достигнув морем Колымы, Стадухин с Зыряном и их спутниками поставили невдалеке от устья ясачное зимовье, огороженное частоколом и получившее название Нижнеколымского острожка или Нижнеколымска. Оно и считалось самым первым русским селением на Колыме.
Найденная Б.П. Полевым в Центральном государственном архиве древних актов (ЦГАДА) челобитная М. Стадухина и его товарищей об открытии Колымы в 1643 году позволяет нам внести серьезные уточнения. Из этого важного исторического документа видно, что 15 июля где-то в низовьях реки отряд Стадухина и Зыряна столкнулся с «оленными людьми», предводительствуемыми князцами Пантели и Ралю. Неясно, что это были за люди — чукчи или юкагиры. «Оленные люди» воспрепятствовали русским обосноваться в низовьях Колымы. Стадухинцам пришлось прорываться вверх по реке. «Оленные люди», по-видимому, обладавшие большим численным превосходством, преследовали русских на лодках. Только через три дня стадухинский отряд смог оторваться от погони. Русские подымались вверх по реке до 25 июля, достигнув селения оседлых юкагиров-омоков, во главе которых стоял князец Алай. Здесь, «на его Олаевых житьях», Стадухин и его товарищи поставили острожек.
Анализ стадухинской челобитной и других документов позволяет установить, что речь идет об основании Среднеколымска, который и следует считать первым русским поселением на Колыме. Там поселились первые колымские «начальные люди», хранилась до отправки в Якутск собранная на Колыме соболиная казна. В ближайшие годы были основаны Верхнеколымское и Нижнеколымское зимовья, и таким образом русский контроль охватывал весь Колымский край.
Выбирая местоположение для русского поселения на Колыме, пока еще единственного, Стадухин и его товарищи руководствовались несколькими весомыми соображениями. По среднему течению реки обитало оседлое население, с которого легче было собирать ясак, тогда как в низовьях Колымы пришлось бы сталкиваться с кочевниками, которые в любой момент могли откочевать в иное место. К району Среднеколымского зимовья сравнительно близко подходила верхняя Алазея, до которой, как сказывали местные юкагиры, можно было добраться за три дня. Предводители казачьего отряда рассчитывали по-прежнему собирать ясак с алазейских юкагиров. Для этой цели местоположение Среднеколымского зимовья было наиболее удачным. В ранних колымских ясачных книгах можно найти упоминание о получении ясака с юкагиров, обитавших на Алазее. На Индигирку первые сведения об успешном походе Стадухнна и Зыряна на Колыму были доставлены алазейскими юкагирами, ходившими «по вся годы на Ковыму реку к ковымскнм мужикам, к пешим и оленным в гости».
