В докладе комиссии по расследованию указывается, что «имеющиеся данные говорят о том, что гибель «Трешера» и находившихся на ней 129 человек. Не является следствием злого умысла, ошибки, небрежности или неопытности одного или многих лиц, находящихся в рядах ВМС или связанных с ними». Хотя считается, что этот вывод сделан главным образом для того, чтобы сохранить верфи хорошую репутацию, он в то же время говорит о том, что гибель подводной лодки произошла не по причине невменяемости кого-либо из экипажа «Трешера». Подводники проходят психологическую проверку. Сведения на этот счет свидетельствуют, что все находившиеся на борту «Трешера», включая гражданских лиц, были вполне нормальны. Кроме того, сообщение об испытываемых незначительных трудностях указывает на то, что авария носила технический характер.
Внутренний взрыв как причина гибели исключается, поскольку в этом случае «Скайларк» должен был бы слышать такой взрыв. Кроме того, «Трешер» не имел торпед, а взрыв ядерного реактора, по заявлению адмирала Риковера, невозможен. Заявление адмирала подтверждается тем, что в районе поиска ни на поверхности, ни на грунте радиоактивного заражения не обнаружено.
Сразу же после гибели «Трешера» пошли разговоры о возможной диверсии. Дело в том, что еще за четыре года до того как «Трешер» пришел для ремонта в Портсмут, на верфи проходила капитальный ремонт первая атомная подводная лодка «Наутилус». Известно, что в тот период было зафиксировано несколько попыток совершить диверсии. В частности, на подводной лодке оказался порезанным в 237 местах бронированный электрический кабель. Установлено, что большинство порезов было сделано в течение пяти-шести дней. Все попытки федерального бюро расследований найти виновных оказались тщетными, хотя оно проверило родословную всех, кто был занят на ремонте «Наутилуса». Арестов не было, но на верфи обнаружили несколько недовольных рабочих. Это случилось в октябре 1959 года. После этого до июня 1960 года работы на лодке шли нормально. В июне на лодке порезанным оказался шланг для проверки испарителей. Позже представитель ВМС заявил, что виновным оказался один из членов экипажа лодки.
21 декабря 1959 года на атомной подводной лодке «Снук», находившейся в сухом доке в Паскагула, кто-то разрезал коленчатую трубу трубопровода. Менее чем через месяц на атомном крейсере «Лонг Бич», находившемся в Куинси, обнаружили три прореза на восьмидесятивосьмимиллиметровом кабеле противоминной обмотки. Хотя этот случай квалифицировали как «не имевший серьезного значения», федеральное бюро расследований и военно-морская разведка провели тщательное расследование.
