После нескольких мелких стычек первое крупное сражение между русскими и французскими войсками произошло 14 декабря при Пултуске у реки Наревы. Русскими войсками командовал Беннигсен, французскими маршал Ланн. Битва продолжалась с утра до вечера под непрерывным дождем со снегом. И хотя французы имели численное превосходство, победитель так и не определился.
Во время этого сражения лошадь под Михаилом Семеновичем упала и придавила ему ногу. Он попал в госпиталь и пролежал там шесть недель. За храбрость, проявленную в этом бою, М. С. Воронцов 12 января 1807 года был произведен в полковники. Вскоре в армию Беннигсена прибыли гвардейские полки. Воронцову было поручено командовать 1-м батальоном Преображенского полка. С этим батальоном он участвовал в сражениях при Гутштате 24 и 25 мая 1807 года.
В том, что эти сражения не завершились разгромом противника, Беннигсен обвинил генерала Ф. В. Сакена, и тот был предан суду. М. С. Воронцов, будучи членом этого суда, выступил в защиту Сакена, а на принятом судебном решении оставил свое особое мнение: «Полагаем, что генерал Сакен ни в чем по сему делу виновным не нашелся, и во всем, что доносит на него генерал Беннигсен, совершенно оправдался»6.
Ввиду разногласия между судьями был образован совет из наиболее опытных генералов. Они признали Сакена виновным. Сакен был отправлен в отставку и 5 лет жил в Петербурге в крайней нужде. В 1812 году по высочайшему повелению следствие по его делу было прекращено, и он возвратился в армию. Александр I, узнав, как храбро воюет Сакен против французов, заявил, что чувствует себя виновным в том, что Сакен был оклеветан Беннигсеном. И повелел поздравить генерала с Андреевской лентой, то есть с орденом Св. Андрея Первозванного. Таким образом, двадцатипятилетний полковник М. С. Воронцов показал себя во время суда более прозорливым и независимым, чем заслуженные генералы.
29 мая 1807 года М. С. Воронцов участвовал в ожесточенном рукопашном бою под Гейльсбергом, а 2 июля — в Фридландском сражении. Из-за численного превосходства противника, а также из-за медлительности и грубых ошибок Беннигсена русские дивизии потерпели при Фридланде поражение. Французы заняли Кенигсберг, а в дальнейшем полностью вытеснили русских из Пруссии. Александр I вынужден был согласиться на мирные переговоры с Наполеоном.
Встреча Александра I и Наполеона состоялась 13 (25) июня 1807 года у города Тильзита. На середине Немана на плоту были установлены два павильона. Павильон побольше и богато украшенный предназначался для императоров, павильон поменьше — для их свиты. Александр I прибыл на переговоры в Преображенском мундире и с Андреевской лентой через плечо, а Наполеон в мундире старой гвардии и с лентой Почетного легиона. М. С. Воронцов не одобрял переговоров России с Францией и поэтому сказался больным, чтобы не быть свидетелем этой встречи императоров.
