Оценивая действия Сенявина в сражении у Фидониси, Войнович в донесении главнокомандующему вновь отмечал: «Находившийся за флаг-капитана капитан-лейтенант Сенявин при отличной храбрости и неустрашимости с совершенной расторопностью обозревал движения и делал приказываемые ему сигналы». Сенявин вернулся генерал-адъютантом Светлейшего князя «чина капитана 2-го ранга». Дело здесь было даже не в том, что он провел в предыдущем капитан-лейтенантском чине всего тринадцать месяцев. Теперь Дмитрий Николаевич не только формально являлся представителем от флота при главнокомандующем Потемкине, но фактически – его уполномоченным на Черноморском флоте.
В таком качестве Сенявин стал командиром отряда судов, отправленных в крейсерство к берегам Анатолии. И в полной мере использовал полученный шанс. Выйдя 16 сентября из Севастополя с пятью корсарскими судами, он до начала октября действовал на коммуникациях турок, истребив и пленив несколько судов, за что получил орден Св. Георгия IV степени.
Войнович писал о нем: «И так ополчая Анатольские берега, сей мужественный и храбрый Офицер навел на оные страх, поразил много народу, уничтожил неприятельские покушения на перевоз войск, истребил довольное число судов, взял пленных и привез от себя и своих подчиненных у неприятеля довольно взятого богатства и 6-го числа прибыл в Севастопольскую гавань благополучно». Еще одним результатом успешного крейсерства стало назначение в кампанию 1789 года двадцатишестилетнего капитана 2-го ранга командиром нового и крупнейшего 80-пушечного линейного корабля Черноморского флота «Иосиф II», флагмана командующего Войновича.
В кампании следующего года Сенявин должен был командовать тремя судами «эскадры кейзер-флага» для собиравшегося лично выйти в море Потемкина. Очевидно, вскоре последовало бы производство в следующий чин, соответствующий этой должности. Но после ухода с поста командующего флотом Войновича и назначения Ушакова стремительная карьера Сенявина застопорилась. Донося о победе при Калиакрии, Ушаков сказал о Сенявине, что «хотя он во время боя оказал также храбрость, но, спускаясь от ветра, не так был близок к линии неприятельской как прочие».
В приказе от 7 апреля 1791 года Ушаков укорял Сенявина в невыполнении им его приказания об откомандировании на вновь построенные корабли в Херсон и Таганрог лучших матросов. Сенявин, естественно, стремился оставить лучших при себе. Произошла резкая ссора между контр-адмиралом и Сенявиным. Несогласия и неудовольствия выросли до такой степени, что вскоре после этого Ушаков принес князю Потемкину жалобу на ослушание и непокорность Сенявина.
