В следующем году по Высочайшему повелению Марко Иванович стал членом Черноморского адмиралтейского правления и 23 сентября произведен в вице-адмиралы, а в 1801 году, 14 марта, в адмиралы. К тому же император наградил Войновича орденом Св. Иоанна Иерусалимского и произвел в командоры Мальтийского ордена. (Во время правления Павла I орден Св. Иоанна Иерусалимского стал, по существу, высшим знаком отличия, жалуемым за гражданские и военные заслуги. Пожалование же командорства превосходило по своему значению даже награждение орденом Св. Андрея Первозванного, так как этим выражалось личное благорасположение государя.)
Последние годы службы Марко Иванович занимался образованием и воспитанием молодых моряков. При Екатерине специального мореходного училища для торгового флота на юге не было, и на коммерческих судах служили выпускники училищ военных, тем более что нередко торговые экспедиции осуществлял флот. После вступления на престол Павла I многое в организации флота менялось, в частности, перемены коснулись образования моряков. В 1798 году Комитет образования флота, созданный по повелению императора, посчитал, что в Николаеве морской корпус не нужен, ибо на Балтике офицеров готовят в достаточном количестве, но признал нужным учредить училище для штурманских учеников и учеников корабельной архитектуры.
В августе император утвердил штат училища. Во главе его должен был стоять флагман с капитаном 1-го ранга в качестве помощника. Штурманское училище рассчитывали на 271 воспитанника, кораблестроительное – на 50. В учебном штате должны были состоять профессор математики, преподаватели морского дела и корабельной архитектуры из числа штурманов и корабелов. Кроме специальных морских предметов, теории и практики по специальности, воспитанникам предстояло изучать русский и английский языки, рисование.
Первым директором Черноморских штурманского и корабельной архитектуры училищ назначили адмирала Марко Ивановича Войновича, «известного боевого моряка и исследователя Каспийского моря» (историк А. Соколов). На начало 1801 года в училище насчитывалось 440 учащихся. Воспитанников учили рисованию, черчению, фехтованию, русскому языку. Отлично закончивших выпускали из штурманского училища штурманами с офицерскими рангами, а из училища корабельной архитектуры – в галерные, ластовые и машинные подмастерья в зависимости от успеваемости.
Марко Иванович много занимался обучением и воспитанием молодых моряков, заботился об их благонравии, поощрял успехи, поддерживал тех, кто брался за нелегкий труд перевода, в частности, новейших английских сочинений по морской практике и кораблестроению. Когда лейтенант Юферов в 1801 году перевел «Опытное искусство правления кораблей с показанием правил на основании к усовершенствованию практического вождения оных вообще» Готчинсона, директор Войнович представил его на «Монаршее воззрение». Вскоре переводчик был награжден годовым жалованьем и 250 экземплярами книги, изданной в типографии училища.
