В 1793 году из Балтики на Черное море были переведены 145 офицеров и 2000 матросов. В Николаеве и Херсоне было заложено 50 канонерских лодок и 72 гребных судна. Всего на Черном море насчитывалось уже 19 линейных кораблей, 6 фрегатов и 105 гребных судов, 25 морских лодок казаков. На монетном дворе в Петербурге уже чеканились медали, где на аверсе изображена Екатерина, а на реверсе – горящий Константинополь, падающий минарет с полумесяцем и крест, сияющий в небе.
В январе 1793 года в Херсон прибыл главнокомандующий граф А.В. Суворов. Незадолго перед тем, 10 ноября, Суворов составил «План войны против Турции», где, рассуждая о силе противника, говорил следующее:
«Не следует пренебрегать их морскими силами, как это доказывает взятый у них превосходный корабль «Иоанн Предтеча»; их матросы из христиан очень хороши, и хотя многие Офицеры не отвечают своему назначению, у них тоже имеются [свои] «Сейтали». Тот недостаток, что они устанавливают на палубах своих судов пушки различных калибров, может быть легко исправлен. Неправда, что они боялись нашего флота в пору его детства, и, как Войнович был этому свидетель, во время последних кампаний прошедшей войны они доказали, что они уж и больше не те, что были при Чесме. Вот почему со своей стороны мы должны противопоставить им парусный флот, который мог бы помериться с ними силами и добиться перевеса, чтобы сохранить наш гребной флот и обеспечить безопасность наших берегов от десантов. Это – дело господ Адмиралов».
Но в апреле 1794 года в Варшаве вспыхнул мятеж, быстро распространившийся по всей Польше и Литве. По приказу государыни Суворов был направлен на подавление мятежников. Осуществление «греческого проекта» пришлось отложить. После подавления повстанцев и русско-прусско-австрийского раздела Речи Посполитой на 1797 год была запланирована новая операция по захвату Босфора. Первым шагом по ее реализации было вторжение в 1796 году войск Валериана Зубова в Персию с последующим их продвижением в глубь Анатолии. Императрица в уже цитировавшемся нами манифесте об объявлении войны с Персией сочла нужным припомнить и «оскорбления Графа Войновича». Этот факт можно рассматривать и как косвенное извинение с ее стороны за незаслуженное отстранение героя Фидониси. Однако вскоре Екатерина скончалась, и столь удачно начавшееся мероприятие было свернуто.
В том же, 1796 году Марко Иванович по Высочайшему приглашению вернулся в Россию и был тепло принят новым императором Павлом, наметившим большую программу по восстановлению и развитию флота, пришедшего в упадок. Войнович был назначен командующим Днепровской флотилией и верфей в Херсоне, главного порта Черноморского флота. На верфях начался настоящий бум судостроения: галеры заменялись быстроходными канонерскими лодками, а 60-пушечные корабли намечено было постепенно выводить в резерв и заменять в эскадрах 74–80-пушечными.
