Обособление науки от христианства началось в Западной Европе в XI-XIV веках, когда номинализм, объявляющий подлинно существующими только отдельные индивидуальные объекты, одержал победу над реализмом, признающим существование чувственно воспринимаемых вещей лишь как отпечатков предшествующих им
общих понятий (родов, видов, идей, то есть "универсалий"). Принятое в то время номиналистическое мировоззрение продолжает доминировать и в цивилизации наших дней.
Несмотря на это обособление, отношения между наукой и христианством вплоть до XVIII века продолжали оставаться вполне гармоничными, чему, конечно, способствовал тот факт, что все крупные ученые того времени были глубоко верующими. Коперник, Декарт, Паскаль, Ньютон, Ломоносов, Кювье в своих трудах часто высказывали мысль, что изучение природы помогает им лучше осознать величие Творца и вызывает в них благоговейное чувство восхищения глубиной Его премудрости.
Однако эпоха Просвещения (которую точнее надо было бы именовать периодом духовного затемнения), самым "блестящим" представителем которой считают Вольтера, паразитируя на происходившем в то время расцвете естественных наук и промышленном использовании научных открытий, выдвинула и распространила среди высших слоев общества ложную идею о самодостаточности человеческого разума и опыта для полного объяснения
всех природных явлений. Возникло множество материалистических лжетеорий: в физике - редукционизм, то есть сведение поведения сложных систем к свойствам их более простых частей, в астрономии гипотезы о возникновении Солнечной системы, в геологии - совершенно произвольное датирование пластов в горных породах, в биологии концепция эволюции (ламаркизм и дарвинизм), в науках о человеке и обществе - социализм и фрейдизм. Эти "теории", а на самом деле мифы XIX столетия, продолжают в измененном виде преподноситься как научно обоснованные.
Действительно, современный "образованный" человек без раздумий принимает за непререкаемую истину то убеждение, что низшие уровни мироздания онтологически, логически и хронологически предшествуют высшим его уровням. В частности он верит, что материя "состоит" из частиц, небесные тела возникли путем постепенного сгущения однородных протяженностей простых структур, живые существа сами собой возникли из неорганической материи, а потом также сами собой усложнялись и развивались, а людское общество в силу того же естественного хода
