С победой крестоносцев положение сирийских христиан отнюдь не улучшилось: латиняне воспринимали своих восточных единоверцев как неполноценных христиан; не могло быть и речи о допуске их в правящее сословие, и уже в 1100 г. Патриарх Иоанн Оксита был изгнан из Антиохии, а на его место поставлен латинский прелат Бернард из Валенсии, что явилось формальным установлением схизмы между Антиохией и Римом. Латинские патриархи вскоре начали замещать православных епископов католиками на территории Антиохийской Православной Церкви. При этом продолжалось параллельное преемство православных Патриархов Антиохии, проживающих в изгнании в Константинополе, о которых известно мало, даже многие имена их вызывают сомнение.
В 1165 г. Антиохия переходит под власть Византии и сюда возвращается православный Патриарх Афанасий I Манасси. Спустя пять лет он с большой частью клира погиб при землетрясении, погребенный под развалинами храма. После поражения Византии в битве с сельджуками при Мириокефалах (1176 г.) о каком-либо влиянии ее в Сирии уже не могло быть и речи, а через четверть века Константинополь пал под ударом крестоносцев. Тем не менее, именно после этого в Антиохии был восстановлен православный Патриархат.
3.1.2. Антиохийская Церковь в XIII–XIX в. в
В 30-х годах XIII в. папский престол понял невозможность напрямую включить восточных христиан в Католическую Церковь и взял курс на создание автономной церковной организации, которая состояла бы в унии с Римом. Патриарх Симеон П отверг этот проект; его преемник Давид в 40-х годах XIII в. склонялся было на переговоры с папой, но следующий православный Патриарх Евфимий I отказался признать главенство Рима, за что был изгнан из города.
14 мая 1268 г. мамлюкский султан Египта Бейбарс захватил Антиохию. Город был сожжен и разрушен, после чего пришел в полное запустение, уже не поднявшись из руин. Мамлюки, использовавшие Антиохию как пограничное укрепление, оставили ее незаселенной. Крупное землетрясение 1324 г. окончательно разрушило город.
Патриарх Евфимий, в 1263 г. в очередной раз высланный из Антиохии князем Боэмундом IV, в момент падения города находился в Византии. После событий 1268 г. Антиохийские Патриархи больше не возвращались в свою прежнюю столицу. Латинские патриархи также оставили Сирию вскоре после 1268 г.; тем не менее Католическая Церковь до XX в. сохраняла преемство титулярных католических «патриархов Антиохии».
К 1291 г. крестоносцы утратили свои последние владения на Востоке. Однако христиане, составлявшие в XI в. едва ли не половину населения Сирии и Палестины, через 200 лет были почти полностью уничтожены, превратившись в небольшие группы местного населения. XIV–XV столетия представляют собой самые «темные века» в истории Антиохийского Патриархата, характеризующиеся общим упадком и, в первую очередь, угасанием летописной традиции ближневосточных христиан, в результате чего крайне мало известно о церковной истории этого времени. После почти вековых скитаний по разным городам, Антиохийские Патриархи с 40-х годов XIV в. избрали своей постоянной резиденцией Дамаск, крупнейший экономический и культурный центр Сирии, который до настоящего времени остается местом пребывания Антиохийских первосвятителей.
