К 30-м годам Х в. могущественный некогда халифат пришел в полный упадок и распался на ряд фактически независимых государств — эмиратов. Этим воспользовалась Византия, которая стала активно отвоевывать свои бывшие владения. Император Никифор II Фока (963–969) одержал ряд блестящих побед над мусульманами, вернув в состав империи Крит, Кипр, Киликию и ряд областей Северной Сирии. В 969 г. отряды императора освободили Антиохию. Однако военные неудачи мусульман усилили межконфессиональную напряженность: каждый триумф Ники-фора провоцировал погромы христиан в Палестине и Сирии. Одной из жертв этих гонений стал Антиохийский Патриарх Христофор, убитый в 967 г.
Византийский период продолжался до 1084 г. Для Православного Антиохийского Патриархата наступила пора расцвета. Хотя большинство Патриархов избирались при участии императора и получали поставление в Константинополе, они вели себя достаточно независимо по отношению к Вселенскому Патриарху. В конце Х — XI в.в. Антиохия была крупным центром христианской культуры, как грекоязычной, так и арабской. В окрестностях города развивались монастыри, разворачивалась активная литературная и богословская деятельность. Самым заметным из византийских писателей этой среды был Никон Черногорец, крупнейший специалист в области церковного права второй половины XI в.
Установившаяся в Сирии в первой половине XI в. относительная политическая стабильность была разрушена появлением турок-сельджуков с их опустошительными набегами. В декабре 1084 г., в ходе внезапного удара, сельджуки овладели Антиохией. Само по себе установление сельджукского владычества на Ближнем Востоке в конце XI в. не повлекло за собой заметного ухудшения социального статуса местных христиан. В большей степени они страдали, как и остальное население, от политической нестабильности в Сирии, бесконечных войн небольших эмиратов, насильственных разделов и переделов территорий. В 1097 г. расстановка сил в Восточном Средиземноморье кардинально изменилась с появлением там крестоносцев, шедших освобождать Святую землю от ига мусульман.
Крестоносцы захватили Антиохию после семимесячной осады 2 июня 1098 г. Власть над Антиохией получил Боэмунд Гарентский, давний противник Византии. В июле 1099 г. после пятинедельной осады пал Иерусалим, и на отвоеванных у мусульман землях возникли христианские государства: Иерусалимское королевство, графство Триполи, Антиохийское княжество, графство Эдесса — три последних располагались на территории Антиохийской Православной Церкви. Восточная часть Патриархата — Дамаск, Хомс, Хама, Халеб и др. — осталась под властью мусульман, а Киликия и ряд приевфратских областей — в составе Киликийской Армении.
