Лишь в 380 г. после вступления на Константинопольский престол императора Феодосия I Великого, Никейская вера стала официальным вероисповеданием Римской империи. Церкви ариан, поставленных вне закона, были переданы православным, а на Антиохийскую кафедру из ссылки вернулся епископ Мелетий, которого император Феодосии I вскоре вызвал в столицу на II Вселенский собор (381 г.). На нем присутствовало 65 епископов Востока, на первых заседаниях председательствовал Антиохийский епископ Мелетий. Собор подтвердил Никейский Символ веры и дополнил его определениями о Святом Духе.
Одним из важнейших направлений развития церковной жизни Антиохийской Церкви раннего периода было монашество. В отличие от египетского, сирийское монашество на первых этапах было менее замкнутым: монахи вели миссионерскую проповедь среди язычников, активно занимались благотворительностью. В V в. начинают усиливаться проявления сурового аскетизма, возникает столпничество — уединение отшельника на горном утесе или на столпе. Самым известным из аскетов этого направления был преп. Симеон Столпник (+459), ставший олицетворением антиохийской святости. Десятки лет он провел на высоком столпе близ Антиохии, примиряя враждующих, обращая в христианство язычников, давая верующим наставления. С IV в. начинается строительство монастырей, как правило это были скромные двухэтажные постройки. Творения монахов Антиохийской Церкви, среди которых наиболее известны труды преподобных Симеона Столпника, Иоанна Мосха, Дорофея Газского и др., стали большим вкладом в церковную традицию подвижничества.
Христологические споры V в. привели к нарушению духовного единства христиан. В 431 г. из-под юрисдикции Антиохийской Церкви выходит Кипрская Церковь, а на IV Вселенском Соборе епископ Иерусалимский Ювеналий окончательно выходит из-под контроля антиохийского предстоятеля и договаривается о взаимных границах с Патриархом Максимом. В конце концов, от Вселенской Церкви обособились четыре национальных: Персидская, Армянская, Коптская и Сирийская, причем последняя возникла на территории Антиохийского Патриархата в результате распространения монофизитской доктрины. В дополнение к расколам, Антиохии не раз наносили ущерб природные катастрофы, особенно землетрясения в VI в. В 540 г. персидская армия шаншаха Хосрова I Ануширвана захватила Антиохию и почти полностью разрушила ее, уведя в плен немалое число горожан. Император Юстиниан I отстроил город, назвав его по-новому — Феополь (Божий Град), но от былого величия Антиохии уже практически ничего не осталось. Эпидемии, войны и землетрясения привели к прекращению судостроения и мореходства в прибрежных городах, упадку торговли и строительства.
