Новый глава Церкви был избран с соблюдением этих условий. Это произошло 11 февраля 1935 г. Новым Патриархом стал митрополит Ермупольский Николай V. После выборов Патриарх поручил смешанной комиссии, которая состояла из греков и сирийцев, подробно изучить вопрос о порядке избрания главы Церкви. Комиссия работала долгое время, что привело к запоздалому признанию египетскими властями результатов выборов нового Патриарха, что произошло лишь в марте 1937 г., когда было принято новое правило о выборах главы Александрийской Церкви. В этом правиле говорилось, что православные сирийской диаспоры принимают участие в выборах нового Патриарха на равных правах.
Патриарх Николай был ревностным последователем принципа соборности в управлении Церковью. Он с неутолимой энергией трудился над переустройством Патриархии согласно этому принципу. Также большое внимание он уделял церковным учебным заведениям. Ему удалось перевести отношения с египетским правительством в русло сотрудничества и взаимопонимания.
Митрополит Леондопольский Христофор II был избран на патриарший престол 21 июля 1939 г. Поместным собором Александрийской Церкви. Перед избранием он давал обещание заполнить все вдовствующие кафедры Александрийской Церкви, улучшить материальное положение священников и многое другое. Однако новые политические условия, в которых оказался Александрийский Патриархат после окончания Второй мировой войны, когда увеличился поток эмиграции греков в другие страны, особенно в Австралию, привели к сильному сокращению греческой паствы в Египте. Перемены, которые произошли в этом регионе, повергли страну в хаос и привели к утесненному положению греческой диаспоры и Александрийского Патриархата. Таким образом, процветавшая некогда греческая община Египта, которая представляла собой опору Патриархата на африканском континенте, к концу 60-х г.г. XX в. стала насчитывать всего несколько тысяч человек.
Несмотря на это, Патриарх Христофор продолжал энергично трудиться на благо Церкви, преодолевая возникшие трудности. Он смог добиться устранения распрей и раздоров внутри христианских общин, которые на протяжении целых десятилетий будоражили жизнь Церкви.
В вопросе признания Болгарского Патриархата, Патриарх Христофор не поддержал мнение многих других Поместных Церквей, но занял позицию Московского Патриархата. Он принял предложение советского правительства получить компенсацию за конфискованное имущество Александрийской Церкви в советской России.
