Египетские власти пытались навязывать школам Патриархата свои учебные программы, но Патриарх смог добиться значительных уступок в пользу Церкви. Его отношение к экуменическому движению было отрицательным, как и к многочисленным протестантским проповедникам, которых он резко осуждал за прозелитизм. Он принимал деятельное участие в возобновлении многих церковных изданий, создании библиотек и составлении учебных программ.
Патриарх Христофор положил основание современной миссионерской деятельности Православной Церкви на африканском континенте. Его первым шагом на этом поприще стала хиротония архиереев в новооснованные епархии Аккры и Иринополя. Ядром нового миссионерского движения стала Уганда, где был создан постоянно действующий миссионерский центр. Последовали хиротонии в иереи из коренных жителей. Было совершено освящение многих новопостроенных храмов. Большой резонанс получило рукоположение трех иереев, до этого бывших активными англиканскими проповедниками. Патриарх Христофор прилагал большие усилия для того, чтобы дети из семей местных жителей воспитывались в греческих школах Александрии, а затем отправлялись на обучение не только на богословском, но и на других факультетах. Целью этого было подготовить молодых людей для последующей миссионерской работы среди местного населения.
Александрийская Церковь принимала участие во Всеправославной конференции, которая состоялась на о. Родос (Греция) в 1961 г.
В последние пятнадцать лет Патриарх Христофор, из-за возникших проблем со здоровьем, не созывал Синод, что в результате привело его к конфликту с епархиальными архиереями. Вместо Синода Патриарх поручил специально им назначенным митрополитам Ермупольскому Евангелию и Иринопольскому Николаю, который впоследствии стал Патриархом, вести часть дел Патриархии. Это вызвало нестроения в управлении Церковью, что привело к появлению оппозиции и вынудило Патриарха в 1968 г. уйти на покой. Некоторое время спустя он скончался.
Патриарх Николай VI столкнулся с проблемой резкого сокращения греко-говорящей паствы в Александрии. Но более серьезной проблемой стали нестроения, возникшие при его предшественнике.
Он основал митрополии Зимбабве и мыса Доброй Надежды. Продолжая миссионерскую деятельность своего предшественника, новый Патриарх занялся главным образом реорганизацией управления Патриархии и улучшением инфраструктуры учебных заведений и благотворительных учреждений. Он организовал центры духовного просвещения местной молодежи, из среды которой, после необходимой литургической подготовки, он выбирал достойнейших и рукополагал их в священники. При нем три африканца были рукоположены в епископский сан.
