Преемник Софрония IV Патриарх Фотий Пероглу (1900–1925) родился в Константинополе, учился в богословской школе Святого Креста в Иерусалиме, а по окончании образования состоял секретарем Иерусалимского Патриарха Иерофея и принимал активное участие в делах Иерусалимской Церкви. В 1881 г. он был возведен в сан архимандрита, а в следующем году, после кончины Патриарха Иерофея, был избран на Иерусалимский патриарший престол, однако его не утвердил султан. В течение 1884–1889 г.г. Фотий жил на Синае и занимался здесь учеными трудами. В 1897 г. был избран архиепископом Филадельфийским и Назаретским (1898).
Патриарх Фотий умело вел дела Церкви: строил храмы, учебные и благотворительные заведения, основал типографию, учредил греческие общества, открыл Патриарший музей и Александрийскую библиотеку. При нем территория Патриархата была разделена на семь епархий, помимо Каира и Александрии, и восстановлена Птолемаидская митрополия (1901 г.).
2.1.4. Возрождение Александрийской Церкви в XX в.
С 1926 по 1935 г.г. Александрийской Церковью управлял Патриарх Мелетий II (Метаксакис), бывший до этого Архиепископом Афинским и Патриархом Константинопольским. С его именем связано возрождение Александрийского Патриархата. К моменту его прибытия в Египет там было 8 храмов, 40 священников и два монастыря без монахов. Патриарх Мелетий развил активную деятельность по распространению Православия в Африке. Он учредил кафедры в Йоханнесбурге, Бенгази, Триполи, Тунисе, Судане и Эфиопии. Им было основано Свято-Афанасьевское духовное училище, ставшее позже семинарией. В 1926 г. состоялся переход богослужения на новый стиль.
15 мая 1930 г. Патриарх Мелетий подписал Положение о священническом служении, которое упорядочивало жизнь духовенства. 13 ноября 1931 г. он выработал специальное положение о Синоде, который не может собираться без Патриарха. Согласно этому закону, Патриарх избирается духовенством и православной паствой независимо от национального признака. Если избранный Патриарх не имеет египетского подданства, он его принимает и получает признание со стороны властей страны.
При его преемнике Патриархе Николае V (1935–1939) в Александрийском Патриархата утвердился новый способ избрания главы этой Церкви. После кончины Патриарха Мелетия в 1935 г. открыл свою работу Поместный собор Александрийской Церкви, созванный для избрания нового предстоятеля. Процедура избрания должна была проходить в соответствии с действовавшими в то время законами египетского государства. Однако православные сирийцы стали протестовать по поводу способа избрания Патриарха и добились отсрочки выборов нового главы Церкви. Вследствие этого министерство иностранных дел Египта представило Патриархии письменный документ, который содержал новые положения о выборах Патриарха с учетом пожеланий сирийских христиан. Несогласие патриаршего местоблюстителя с этими требованиями привело к непризнанию египетским правительством результатов выборов Патриарха.
